정부의 목적세 폐지 및 세제 간소화 정책에 따라 행정안전부도 지방교육세 개편안을 제시했다. 지방교육세를 폐지하는 대신 지방교육세로 부과되던 세금은 본세에 더해 과세하고 해당되는 세수입은 지방자치단체에서 교육자치단체로 이전하도록 지방교육재정교부금법을 개정한다는 것이다. 이 안에 의하면 재산세의 경우 재산세액의 20%에 해당하는 지방교육세를 부과했었는데, 앞으로는 재산세 세율을 현행 세율의 1.2배로 인상하고 그 세수입의 20/120을 지방자치단체 일반회계에서 지방교교육비특별회계로 전출하게 된다. 재산세 외에도 지방교육세가 부가되던 등록세, 레저세, 균등할 주민세, 자동차세, 담배소비세에도 이와 유사한 변화가 발생할 것이다. 이미 지방자치단체는 담배소비세 수입의 45%(도 제외), 지방 보통세 수입의 일정비율을 일반회계에서 교육비특별회계로 전출하고 있는데, 지방교육세제 개편으로 인해 6개 세목의 세목별 세수입 중 일정비율에 해당하는 부분이 추가로 전출되는 것이다.

지방교육세를 본세에 통합하는 것은 조세정책의 합리화 관점에서 오래 전부터 주장됐던 것이다. 목적세는 세금을 부담하는 계층과 그 세수입의 활용으로 혜택을 받는 계층이 일치할 때 효율적인 과세방법이 된다. 그렇지 않고 국가가 특정 계층으로부터 세금을 강제로 징수해 납세자와 관계없는 다른 계층에게 혜택이 돌아가도록 하면 세금을 납부하는 계층의 과세대상 행위의 과소공급과 수혜자 계층의 공공서비스 과다수요가 발생하기 때문이다. 이러한 관점에서 우리나라의 교육세 및 지방교육세는 문제가 있다는 지적을 받아왔으며, 이번 세제개편안에 개선방안이 제시된 것이다.

그런데 개편의 후속조치를 보면 교육세 개편에 따른 지방교육재정 세입의 감소분은 지방교육재정교부금의 상향 조정을 통해 보완하는데 비해 지방교육세의 경우 개편으로 인해 지방자치단체 일반회계에 귀속되게 되는 세수입을 세목별로 계산해 그 금액을 교육비특별회계로 전출하도록 하고 있다. 지방교육세가 시·도세뿐만 아니라 시·군·구세에도 부가되고 있어 이의 폐지시 광역·기초간 재원조정에 어려움이 있어 세목별 이전방안이 제시된 것으로 이해되기는 하나, 이와 같은 세목별 이전방식은 지방교육세 폐지의 긍정적인 측면을 완전히 상쇄해 무효화시키는 방법이라는 점을 인식할 필요가 있다.

앞서 언급한 바와 같이 지방교육세의 문제점은 지방교육세라는 이름으로 세금을 징수하는지 여부에 달려 있는 것이 아니라 공교육서비스의 수혜계층이 아닌 납세자들이 납부한 세금을 교육부문에만 사용하도록 사전에 규정해 놓은 데서 발생하는 것이다. 그런데 개정된 지방교육세 개편안 및 그 후속조치는 이와 동일한 문제를 그대로 유지하고 있다. 지방교육자치단체는 이전과 동일한 규모의 세입을 확보하게 되며, 레저세·자동차세·담배소비세 등 지방교육세가 부가되는 세금을 납부하는 납세자들은 이전과 동일한 금액의 세금을 납부하고 그 중 이전과 동일한 비율만큼은 납세자 및 세금을 징수한 지방자치단체의 의지와 상관없이 교육재정에서 활용하게 되기 때문이다. 

이러한 문제를 개선하기 위해서는 일반회계로 이전되는 지방교육세 수입을 보통세 전출금과 통합해 보통세 수입의 일정률을 전출하도록 하도록 전출금제도를 단순화하는 것이 바람직하다. 이 때 지방교육세에 탄력세율 적용이 허용된다는 점을 고려해 지방자치단체와 교육자치단체가 합의하에 탄력적으로 전출비율을 조정할 수 있도록 한다면 지방재정과 지방교육재정의 연계성을 강화하고 지방교육자치단체의 노력과 지방자치단체의 교육에 대한 열의에 따라 양 재정의 협력을 바탕으로 하는 지방에 의한 교육재정 확충을 기대할 수도 있다는 장점이 있다. 전출비율을 탄력적으로 조정할 수 있도록 하는 안 대신 지방교육자치단체가 재산세 등 특정 세목에 부가해 스스로 교육세를 부과할 수 있도록 하는 방안도 검토해 볼 수 있다. 이 때 교육세는 지방교육자치단체가 수혜계층으로부터 직접 징수하는 효율적인 세금이라는 점에서 이전의 지방교육세와 다르다.