또한 양도소득금액을 계산함에 있어서 인플레이션에 따른 명목소득에 대해서도 소득금액으로 계산되어 실질소득을 초과하는 양도차익을 과세하는 자본과징의 모순을 방지하기 위해 물가상승에 따른 가치의 상승분을 양도차익에서 공제해 주는 양도소득특별공제 제도를 시행하였으나, 1990년대 초반부터 물가가 안정되면서 실질적인 혜택에 비해 세무행정이 복잡하다는 이유로 1995년도 말에 양도소득특별공제 제도를 폐지하고 장기보유특별공제의 대상범위와 공제대상금액을 확대한 사실도 이미 앞에서 설명하였다.

결국 장기보유특별공제제도는 부동산의 장기보유를 유도하는 측면과 물가상승에 따른 명목소득을 양도차익에서 공제해 주는 측면 두 가지를 고려하여 도입된 제도이지만 2007.1.1 이후 양도분부터 실지거래가액에 의하여 양도소득세를 계산하게 됨에 따라 양도소득특별공제만으로는 명목소득을 충분히 공제하여 주지 못하고 있는 것이 사실이다.

현재의 장기보유특별공제는 보유기간별로 양도차익의 10%에서 30%(장기보유 1세대 1주택인 고가주택은 45%)까지 공제하도록 규정하고 있지만 이는 양도차익을 기준으로 계산한 금액에 불과한 것으로서 부동산의 실제 가격상승분을 충분히 고려하고 있지 못하는 한계가 있다.

종전처럼 기준시가로 양도차익을 계산하는 경우 물가상승에 따른 공제액의 계산기초가 되는 취득가액이 기준시가에 해당하였으므로 물가상승에 따른 양도소득특별공제제도를 폐지하고 이를 장기보유특별공제로 흡수하여도 실제의 세부담에는 큰 변화가 없었다. 그러나 실지거래가액으로 양도차익을 계산하도록 변경된 2007.1.1 이후 양도분에 대하여는 물가상승분에 대한 공제가 충분히 반영되지 아니하는 경우 이는 곧 자본과징 즉, 원본과세의 문제를 발생하게 되는 것이다. 일반적으로 지금까지 부동산의 가격상승률은 일반 물가의 상승률을 상회하는 것으로 계측되고 있는 점 또한 간과해서는 안되는 중요한 변수인 것이다.

또한, 물가상승에 따른 명목가치를 양도차익에서 공제하여 원본과세를 금지하고자 하는 장기보유특별공제 제도의 취지로 비추어 볼 때 1세대 다주택의 경우 및 비사업용토지를 적용대상에서 배제하는 것은 결국 원본과세가 이루어지게 되어 제도의 입법취지에도 부합하지 아니하는 모순이 발생하게 되는 것이다.

따라서 장기보유특별공제와는 별개로 물가상승에 따른 명목가치 상승분을 공제하기 위한 양도소득특별공제 제도를 재도입하여야 하며, 1세대 다주택 등의 경우에는 물가상승에 따른 공제는 허용하되 장기보유에 대한 특례만을 적용배제함으로써 제도의 취지를 살려야 할 것이다.

3. 산출세액 계산의 문제

⑴ 세율의 문제

취득가액 및 물가상승분에 대한 과세의 문제점이 있음에도 불구하고 보유기간의 장단기 및 투기목적이 없는 경우에도 일률적으로 비교적 높은 세율을 단순 적용함에 따라 거액의 양도소득세를 부담하는 문제가 발생하고 있다.

따라서 양도소득세율 중 기본세율은 종합소득세율과 일치시키는 한편 1세대 다주택 및 비사업용토지의 세율은 무신고에 따른 가산세 등을 고려할 때 하향 조정할 필요가 있다.

⑵ 세액계산과정의 문제

일반적으로 부동산 등에 대한 양도소득세는 장기간 보유로 인하여 발생한 양도차익에 대하여 보유기간에 대한 배려 없이 양도한 과세연도의 양도차익 전액에 대하여 양도소득세율을 단순히 적용함에 따라 장기보유한 납세자가 오히려 불리하게 되어 장기보유자를 우대한다는 세법 정신에 위배되고 있다.

이러한 점을 고려하여 장기보유한 납세자에 대한 양도소득세를 계산함에 있어서 현행 금융소득 및 퇴직소득에 대한 세액산출의 방법인 보유기간에 따른 세율의 적용방식(N분 N승법)의 적용을 고려할 필요가 있다고 본다.