대부분의 국민들은 24년 동안 시행된 기준시가에 익숙해져 있어서 부동산을 양도하는 시점에서 취득 당시의 매매계약서 등 증빙서류의 관리를 소홀히 하여 분실하였거나 불필요하다고 여겨 훼손을 시켜버린 경우가 상당히 많이 있다. 또한 취득시에 시·군·구에 신고한 매매계약서는 취득세와 등록세를 줄일 목적으로 매매가액을 낮추어서 매매계약서를 작성(일명 '다운계약서'라 함)하였기 때문에 실지거래가액과는 사실상 거리가 멀다.

이와 같이 취득 당시 실지거래가액을 입증하지 못하거나 불분명한 경우에 현행 소득세법은 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 등을 적용하도록 하고 있으나 현실적으로 매매사례가액 또는 감정가액은 거의 존재하지 아니하므로 대부분 환산한 취득가액을 적용할 수밖에 없다.

실지거래가액에 의해 양도차익을 계산하는 경우 환산취득가액은 실지양도가액을 양도당시 기준시가와 취득당시 기준시가 비율을 기준으로 환산하고 있다.

환산취득가액 ^ 양도당시 실지거래가액 × 취득당시 기준시가 / 양도당시 기준시가

환산취득가액이 취득당시 실지거래가액에 유사하게 접근된 가액으로 계산되기 위해서는 기준시가의 변동율이 실제 부동산의 가격 변동률과 같게 산정되어야 한다. 그런데 기준시가 적용함에 있어서 당초에는 토지등급가액을 적용하다가 개별공시지가로 기준가격이 변경됨에 따라서 기간별 기준시가의 상승률이 실제 부동산의 가격 상승률대로 조정하여 고시되지 아니하였을 뿐만 아니라 과세표준 현실화 정책에 맞춰 인상률이 결정되었으므로 이러한 기준시가를 근거로 환산한 취득가액은 실제 취득한 가액을 전혀 반영하지 못하는 문제가 있다. 또한, 지역별·토지의 지목별 편차도 심할 뿐만 아니라 토지를 취득한 후 지목이 변경되거나 도시계획이 변경된 경우에는 편차가 더욱 크게 나타나게 되는 것이다.

실제 의제취득일인 '85년1월1일 전·후에 취득한 토지의 경우 양도한 부동산의 환산취득가액은 대부분의 경우 양도가액의 5∼15% 수준에 머물고 있다. 즉 취득가액의 6배∼20배 이상의 양도차익이 발생한 것으로 계산되고 있다는 것이다.

적용 세율이 낮은 경우에는 환산취득가액을 적용하여 계산한 양도차익이 실지거래가액을 적용하는 경우와 어느 정도 편차가 있더라도 원본과세 사례는 많지 않을 것으로 보인다. 그러나 비사업용토지와 같이 중과세율이 적용되는 경우 작은 편차에도 세부담이 급격히 많아짐은 물론 원본과세가 이루어질 가능성이 상대적으로 높아질 수밖에 없는 것이다.

일반납세자들이 장래 실지거래가액에 의해 양도소득세를 과세받을 수도 있다는 전제로 장기간동안 실지거래증빙을 갖추고 있지 아니한 것이 충분히 예상되고, 국가의 관리시스템으로도 부동산 실지거래가액이 관리되고 있지 아니하며, 실제취득가액과 유사한 가액을 산정할 수 있는 제도적 장치도 확보하지 아니한 상황에서 정책적 목적으로 양도차익 산정원칙을 기준시가에서 실지거래가액으로 변경하면서 비사업용토지에 대하여는 중과세 제도까지 동시에 적용하는 것은 신뢰보호원칙에서 살펴본 것처럼 납세자의 권리보호에는 미흡했다는 지적을 받을 수밖에 없다.

토지등급가액을 적용하여 기준시가를 산정할 당시의 부정확한 가격변동률만이라도 해소함과 동시에 과세대상기간이 너무 장기간이 되어 증빙자료의 징구(환지의 경우 잠정등급확인이 곤란한 경우 등)에도 문제가 있는 점을 감안한다면 기준시가의 시가반영률이 현재의 시가반영률과 큰 차이가 없는 시점으로 의제취득일을 변경하여야 할 것이며, 이는 기준시가의 시가반영률을 고려할 때 현행 '85년1월1일에서 '95월1월1일(세제개편안에 따라 장기보유특별공제가 15년까지 가능하도록 개정이 되는 경우 '93년1월1일)로 변경하여야 할 것이다.

또한, 토지등급가액 및 개별공시지가의 변동률이 실제 부동산 가격의 변동률과 괴리가 많아 환산취득가액을 산정하는 데 불합리하므로 부동산가격의 변동지수와 연계하여 변동률을 합리적으로 조정할 필요가 있다.

특히 비사업용 토지의 경우 고율의 세율과 장기보유특별공제를 배제하는 이중의 징벌적 규정으로 일반세율 적용대상자와의 격차가 너무 심하게 나타나고 있는 점을 시정하기 위해 장기보유특별공제제도는 적용함으로서 격차를 줄이는 것도 하나의 방법일 것이다.