의료비를 신용카드로 결제했을 경우 올해까지는 의료비 공제와 신용카드 소득 공제  두가지 모두 공제받을 수 있다. 

재경부는 신용카드로 의료비를 결제한 경우 현행 조세제한특례제한법  시행령은  ‘신용카드 소득공제’만 허용되고 ‘의료비 공제’는 적용 받을 수 없도록 중복배제 규정을 두고 있으나  올해까지 1년간  연장 허용할 방침이다. 

이에따라 12월 중순 이후 본격적으로 시작되는 올해 연말정산에서는 의료비를 신용카드 또는 현금영수증으로 결제할 경우 의료비 공제와 신용카드(현금영수증) 소득공제를 동시에 받을 수 있게 된다.

중부청 관계자는 “작년 2월에 개정된 조세특례제한법시행령에 따라 의료비 공제와 신용카드 소득공제의 중복적용을 배제하는 규정이 올해 연말정산부터 시행될 예정이었다”그러나 “재경부는 의료기관들의 영수증 구분이 아직 보편화되지 않아 중복공제를 1년 동안 추가로 허용하기로 했다.”고 설명했다.

이와관련 정부 관계자는 “의료기관의 신용카드 사용현황에 대한 실태조사 결과 대형병원의 경우에는 비교적 의료비 공제대상 금액 등을 항목별로 잘 구분하고 있으나 일반병원에서는 그렇지 못했다”며 “중복공제를 1년 연장하고 2006년 12월 이후 지출분부터 중복공제를 배제할 방침”이라고 설명했다.

그는 이어 “신용카드사에서도 의료기관의 사용액 중 의료비 공제대상을 정확하게 구분해 제공하기도 어려운 상황이라서 납세자들이 불편을 겪을 우려가 있다”며 “의료비 및 신용카드 중복공제 관련 조특법 시행령을 내년 초까지 개정해 조치할 것”이라고 밝혔다.

한편, 현행 의료비공제는 총급여액의 3% 초과 지출분에 대해 공제되며, 신용카드 공제는 총급여액의 15% 초과 지출액의 15% 공제(500만원 한도)가 가능하다.