국민고충처리위원회(고충위)가 2000년이후 행정처분 등의 위법·부당함을 들어 관계 행정기관에 시정을 권고하였으나, 해당 기관이 이를 받아들이지 않아 민원인이 법원에 소송을 제기해 민원인이 승소한 경우가 39건이며, 소송이 진행 중인 것도 22건인 것으로 밝혀졌다.

이는 고충위의 시정권고를 구속력이 없다는 이유로 행정기관이 수용하지 않아 소송에서 패소함으로써, 행정기관 스스로 행정의 권위를 실추시키고 민원인에게는 불편을 줘 행정에 대한 불신을 초래하는 원인이 되고 있다.

고충위에 따르면 2000년이후 시정권고가 소송으로 이어진 경우는 모두 109건으로 국가기관이 31건, 지방자치단체가 67건, 투자기관이 10건, 기타 1건 등이었다.

고충위 관계자는 "고충위의 시정권고를 합리적인 이유가 있음에도 불구하고 해당 행정기관이 이를 수용하지 않는 이유는, 행정기관이 민원인의 입장에서 민원을 처리하려는 자세보다는 상급기관의 감사 등을 의식해 소극적으로 처리하려는 보신주의적 행태가 남아 있기 때문"이라고 말했다.

이에 따라 고충위는 관계기관과의 협의를 통해 고충민원에 대한 행정기관의 이해의 폭을 넓혀 공감대 형성에 주력하는 한편，감사 의뢰, 언론 공표 등 다각적인 방법으로 시정권고 실효성을 높일 계획이다.

한편 기관별로는 국세청이 6건으로 민원인이 4건 승소하고 1건은 패소, 1건은 진행 중이다.