오는 2007년부터 작물재배업에서 발생하는 농업소득은 개인의 경우 농업소득세(지방세)가 없지만, 농업법인의 경우는 법인세(국세)가 과세되는 불합리한 현상이 나타나 관심이 요구되고 있다.

이에 따라 농업법인에 대한 법인세 면제기간을 농업소득세와 같이 일치시켜야 한다는 주장이 제기됐다.

서희열 강남대 교수·정규언 고려대 교수는 최근 '농업법인 육성을 위한 조세제도 개선방안'이라는 공동연구보고서를 통해 이같이 밝혔다.

보고서에 따르면 2005년1월5일이후 최초로 신고기한이 도래하는 분부터 농업소득세를 5년간 과세중단하도록 지방세법이 개정됐다.

이에 따라 2005년1월5일이후 최초로 신고기한이 도래하는 분부터 적용되기 때문에 2004년 귀속분부터 5년간 농업소득세 과세가 유예된다.

또한 2006년 12월31일까지 작물재배업에서 발생하는 농업소득에 대해 법인세를 전액 면제하도록 규정하고 있다.

이에 정규언·서희열 교수는 "작물재배업에서 발생하는 농업소득에 대해 법인세를 전액 면제하도록 규정하고 있는 조세특례제한법상의 일몰법이 연장되지 않으면 이같은 형평성 논란이 발생한다"면서 제도 보완을 촉구했다.

이와 함께 이들 교수는 "영농조합법인에 대한 법인세 면제와 농업회사법인의 농업소득에 대한 법인세 면제부분은 최저한세가 적용되지 않고 그대로 인정되고 있다"면서 "그러나 농업회사법인이 농업소득 이외의 소득에 대해 법인세를 50% 감면받는 규정에 대해서는 최저한세 적용을 배제해야 한다"고 주장했다.

보고서는 농업농촌기본법을 근거로 설립되는 영농조합법인은 조특법 제72조에서 규정하는 조합에 불포함돼 당기순이익과세제도를 선택할 수 없는 것도 향후 개선해야 할 과제로 꼽았다.

현재 당기순이익 과세제도가 허용되는 조합법인은 농업협동조합, 중소기업협동조합, 신용협동조합, 새마을금고, 수산업협동조합법에 의해 설립된 협동조합·사업협동조합·협동조합연합회·산림조합·엽연초생산협동조합·소비자생활협동조합 등이다.

이들 교수팀은 "농업법인에 대해 3년 정도의 결손금 소급공제가 가능하도록 세법을 개정할 필요가 있다고 판단된다"면서 "미국에서 시행되고 있는 농업소득평준화제도를 도입하는 경우 소득변동의 영향을 크게 완화시킬 수 있을 것"이라고 제시했다.

보고서는 이와 함께 3%에서 40%까지 누진세율로 돼 있는 농업소득세율이 법인세 최고세율 25%의 2배에 가까운 세율이며, 소득세 최고세율 35%보다도 높은 만큼 장기적으로는 농업소득세율 인하가 필요하다고 강조했다.