의료비를 신용카드, 현금영수증, 직불카드로 결제한 경우 의료비 공제와 신용카드 소득공제를 모두 받을 수 있다.

국세청 등 정부 관계자는 "당초 의료비를 신용카드 등으로 결제시 의료비 소득공제와 신용카드 소득공제 중 하나만 적용키로 했으나, 올해 연말정산분까지는 이중공제를 적용키로 했다"고 전했다.

이중공제와 관련, 국세청 등 관계자는 "11월부터 의료비 영수증에 결제방식별 내역이 표시되지만 10월 이전분의 경우는 근로자가 확인하는데 어려움이 있기 때문"이라고 설명했다.

또 "현금영수증으로 지출한 의료비 금액은 국세청이 관리하고 있는데 연말에 근로자들이 국세청 홈페이지에 접속해 동시에 이를 확인하는 경우 용량 초과에 따른 접속 지연 등 근로자들의 불편이 예상된다"고 덧붙였다.

그는 이어 "내년 연말정산부터 실시되는 연말정산 간소화제도에 다라 의료기관이 직접 전산으로 의료비 지출자료를 국세청에 통보함에 따라 근로자는 의료비 결제내역을 쉽게 확인할 수 있을 것"이라고 말했다.

이와 관련, 재경부 관계자는 "조세특례제한법 시행령을 개정해 올해는 이중공제를 적용하고 내년 연말정산분부터 선택해 적용받도록 할 계획"이라고 밝혔다.