해외현지법인을 포함한 특수관계자와의 거래에서 발생하는 매출에 대해서는 이러한 비용인정 한도의 20%만 인정하고 있다.
기업들은 이와 함께 신기술을 최초로 기업화하기 위해 사업용 자산에 투자하는 금액은 연구·인력개발준비금 사용기준에 포함시켜야 한다고 주장하고 있다.
현행 세법은 신기술을 처음으로 기업화하기 위한 사업용 자산 투자비에 대해 연구 및 인력개발 설비투자세액공제(사업용 자산 투자금액의 100분의 7을 법인세에서 공제)를 허용하고 있으나, 연구 및 인력개발준비금 사용기준에서는 포함하지 않고 있기 때문.
이른바 '신기술을 기업화하기 위한 사업용 자산의 범위'는 과학기술부 장관이 주무부장관의 의견을 들어 인정하는 사업(특허받은 국내 기술의 개발성과를 처음으로 기업화한 것, 기술개발촉진법 제6조 및 시행령 제9조의 규정에 의해 신기술로 인정한 것을 처음으로 기업화한 것)에 사용하기 위한 사업용 자산이라는 것.
이에 따라 기업화에 최종 성공하는 경우에는 사업용 고정자산으로 사용이 가능하지만 실패할 경우에는 설비를 폐기해야 하는 위험성이 있다.
그러나 이러한 투자에 대해서는 연구 및 인력개발을 위한 설비투자 세액공제만 적용해 주는 것은 일반 사업용 고정자산에 대한 투자를 지원하는 것과 다를 바 없다고 토로하고 있다.
기업체 세무팀 관계자는 "연구시험용 시설, 직업훈련용 시설투자에 대해서는 세액공제 및 준비금 사용실적으로 중복해 지원해 주고 있다"면서 "그러나 기업이 큰 위험을 안고 투자하는 신기술 기업화 설비에 대해서는 투자세액공제만 적용하는 것은 불합리하다"고 세법 개선의 당위성을 제시했다.