재정경제부는 주관기관이 국책연구과제에 참여하고 정부출연금을 직접 받는 경우 同 정부출연금을 용역 제공의 대가로 봐 부가가치세 과세표준에 포함되는지 여부에 대해 이같이 회신했다.
질의회신에서 재경부는 "사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후, 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 국가연구개발사업출연금을 받아 기술 개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우, 당해 기술 개발과 관련해 지원되는 국가연구개발사업출연금은 부가가치세법에 따라 부가세 과세표준에서 제외된다"고 밝혔다.
질의자는 "甲설의 경우, 부가가치세 과세표준에서 제외된다고 보고 있지만, 乙설은 용역의 공급대가에 해당하기 때문에 과세 표준에 포함시켜야 한다"면서 회신을 구했다.
한편 납세자(질의자)는 산업발전법, 정보화촉진기본법, 과학기술기본법 등 관련 법령에 근거해 산업자원부, 정보통신부, 과학기술부장관이 기술․경제적으로 가치가 높아 국가적으로 개발이 필요한 기술과제를 선정하고 공모를 통해 대상 사업자를 선정한 뒤, 기술 개발에 필요한 사업비의 일부(총 사업비의 80%)를 정부출연금으로 지원했다.
이때 정부 또는 정부의 위임을 받는 기관(전문기관)과 지원대상사업의 수행자로 선정된 사업자(주관기관)가 별도 협약을 체결하고 사업계획서에 따라 사업비 20%를 본인부담으로 사업을 수행했으며, 사업비(정부출연금)는 전문기관이 협약서에 정한 기준에 따라 지급했다.
또 주관기관은 연구개발비를 다른 용도의 자금과 분리해 별도의 계정을 설정, 사업비를 사용했으며 정산은 연구개발과제 종료시 개발비 사용실적을 정부(전문기관)에 보고하고 잔액이 발생한 경우 반납했다.
