현재 우리나라 자본이득과세제도는 자산시장이 제대로 발달되지 않고 자본도 없는 상황에서 제정됨에 따라 과세원칙이 제대로 정립돼 있지도 못하고, 형평성과 효율성의 측면에서 모두 문제점을 내포하고 있어 개편이 시급한 것으로 지적됐다.

한국경제연구원 李仁實 선임연구위원은 '자본이득과세제도의 개선방안'이라는 보고서를 통해 "우리나라에서 자본이득은 소득으로 분류해 소득세 내에서 과세하고 있다"면서 "우리나라의 자본이득과세를 전면적으로 개편할 시점이 됐다"고 주장했다.

李 박사는 "주식 양도차익 과세는 대주주와 비상장주식에만 과세되고 대부분의 상장주식 양도차익에는 과세하고 있지 않고 골동품 등의 자산에 대한 양도소득세는 유명무실한 세금"이라며 "소득세는 일반적으로 형평성이 강조돼 누진세율로 과세되는 세제인데 소득세의 일종인 우리나라의 자본이득세는 자산 가치를 제대로 반영하지도 못하고 자산별로 과세원칙이 달라서 형평성에 크게 어긋나는 세제이기 때문에 개편돼야 할 세제"라고 강조했다.

그는 이어 "최근 김진표 경제부총리가 언급해 문제가 되었던 1가구1주택 양도차익에 대한 과세는 자본이득세의 형평성 차원에서 도입돼야 하는 세제"라고 덧붙였다.

예를 들어 1억원 하는 주택 2개를 1억1천만원에 팔아 2천만원의 양도차익이 난 경우 1천만원에 대해 양도차익세를 물어야 하는 반면, 5억원 하는 주택을 6억원에 팔아 1억원의 양도차익이 생겨도 1가구1주택이어서 과세대상이 되지 않는다는 것.

李 박사는 "따라서 과세의 중요한 원칙 중 하나인 수평적 형평성에 위배된다"면서 "국민들의 주거복지 증진차원에서 만들어진 1가구1주택의 양도차익 비과세 정신은 장기보유 특별공제나 주택공제 등 충분한 소득공제를 통해 면세하거나 경과세하는 규정을 둬 살리게 되면 현재처럼 대부분의 서민과 중산층이 실질적으로 양도소득세를 내지 않아도 된다"고 제시했다.

그는 "다만 다른 점은 현재 70%에 달하는 1가구1주택 양도차익이 과세되면 그동안 비과세의 경우 주택양도가 양도소득세의 신고의무가 없어 납세당국이 거래가액을 충분히 파악하기 어려웠던 점이 개선될 것"이라고 내다봤다.

따라서 실거래 가격의 파악이 이뤄져 부동산이득과세 전반에 대한 제도 합리화에도 도움이 될 것이라는 주장이다.

또한 李 박사는 "현재와 같은 대주주와 비상장주식에만 과세하는 제한적인 주식 양도차익 과세를 개선해 주권상장법인 및 협회등록법인의 주식의 양도차익에 대해서도 과세를 해야 한다"고 주장한 뒤 "자본이득과세의 도입에 대해 아직도 부정적인 인식이 강하기 때문에 초기에는 부정적 영향을 최소화해 매우 저세율로 과세해야 한다"고 덧붙였다.

李 박사는 이와 관련 "유가증권 관련 자본이득 세부담이 배당소득세나 이자소득세의 세부담보다 높지 않도록 해야 할 것"이라면서 "주식거래차익에 대한 과세부담을 낮추기 위해 증권거래세는 현재보다 인하돼야 하며 궁극적으로는 폐지돼야 한다"고 주장했다.