기업합병의 경우에도 과세이연 요건이 충족되면 분할과 동일하게 양도소득에 대한 과세특례를 적용하는 것이 바람직하다는 주장이 일고 있다. 또 이월결손금을 차감하는 잉여금의 범위에서 주식발생 액면초과금 등을 제외시켜 자본과세를 방지해야 한다고 입을 모으고 있다.

세무사 등 조세전문가들은 "현행 법인세법시행령에서는 분할의 경우 과세이연 요건을 충족하는 경우에 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하는 반면, 합병에 대해서는 관련 규정을 두고 있지 않다"고 지적한 뒤 "현재는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례로 과세되고 있지만, 향후 지가급등지역으로 지정되는 지역이 존재하고 과세가 실시되는 경우에는 분할과의 과세 형평성 문제가 발생할 수 있는 만큼 제도의 보완이 필요하다"고 강조했다.

조세전문가들은 이어 "주식발행액면초과금 등을 구분하지 않고 전액 차감하고 있어 각 사업연도의 소득금액에 산입돼, 결국 청산소득에 대한 법인세로 과세되기 때문에 자본과세의 문제점이 발생하고 있는 만큼 제도의 개선이 필요하다"고 주장했다.

이와 함께 조세전문가들은 "건설자금이자는 손금불산입대상 지급이자를 직접 계산하는 구조로 돼 있으나, 기준초과차입금관련 지급이자는 안분계산의 구조로 돼 있는 만큼 이자계산 순서를 건설자금이자가 기준초과차입금의 이자보다 후순위에 있어 이론적인 모순점이 발견된다"면서 "지급이자의 손금불산입 적용시 건설자금이자를 기준초과차입금이자 보다 먼저 적용하도록 순위를 조정하는 것이 타당하다"고 대안을 제시했다.