'중소기업의 결손금 소급공제에 의한 환급특례' 조항(조특법 제8조3)이 조세평등주의에 입각해 볼 때, 사업자와의 형평성 문제가 있어 제도의 보완 내지는 해석기준을 명확히 해야 한다는 지적이 일고 있다.

조세전문가들에 따르면 정부가 지난해 8월에 신설한 '조특법 제8조3'은 중소기업이 2002.12.31이전에 종료하는 과세연도에 결손금이 발생한 경우 직전 과세연도 및 직전전 과세연도의 소득에 대해 과세된 소득세액 또는 법인세액을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급 신청할 수 있다'고 규정하고 있다.

그러나 사업연도가 6개월인 법인에 적용할 경우, 직전 2개 課稅연도의 해석에 대해 법규정을 그대로 해석하면 직전 2개 사업연도인 1년간의 소득을 적용해야 하기 때문에 사업연도가 1년인 법인과의 환급특례 혜택이 다르다는 것.

대다수 세무사들은 "사업연도가 6개월인 법인의 경우 단지 사업연도를 반년으로 정했다는 이유만으로 직전 1년간의 소득에 대해서만 당해 제도를 적용받을 수 있어, 직전 2년간의 소득에 대해 혜택을 받는 개인사업자 및 사업연도가 1년인 다른 법인과 형평성이 맞지 않는다"고 지적했다.

또한 조세전문가들은 "법인세법 제13조제1항에 의한 이월결손금 공제는 5년이내 발생한 결손금으로 규정되어 사업연도가 1년인 법인과 6개월이하인 법인 모두 똑같이 5년간 적용을 받을 수 있다"며 "그러나 조특법 제8조의3에 의해 소급공제를 직전 2개 사업연도로 제한해 적용하면 사업연도가 1년인 6개월 이하인 법인간의 형평이 맞지 않기 때문에 소급공제제도와 이월공제제도간의 괴리가 발생한다"고 주장했다.