앞으로 위탁가공업체에 설치한 사업용자산도 투자세액공제 적용대상 자산에 해당되고 동일한 부지내에 별도의 공장이 있는 경우도 각각 다른 세액감면 적용이 가능하다.

둘 이상의 투자세액공제가 적용되는 하나의 투자자산에 대해서도 임시투자세액공제를 받다가 차후에 다른 투자세액공제로 적용할 수 있다. 또 중소기업의 주된 사업이 중소기업 해당업종의 다른 업종으로 변경되면서 규모가 초과되는 경우, 중소기업 유예기간이 적용된다.

국세청은 불분명하거나 불확실한 조세특례제한법 기본통칙 1백31개를 삭제·신설·수정보완·조문정리를 통해 95개 조문으로 개정하고 지난 15일부터 최초로 신고하는 과세연도분부터 적용키로 했다.

이에 따라 2001년도 귀속 개인사업자, 사업연도가 2001.2월부터 2002.1월말인 법인사업자, 2002.1기 부가세 과세사업자부터 적용이 가능하다.

개선내용에 따르면 위탁가공업체에 설치하고 그 생산제품을 전량 인수해 판매하는 경우, 당해 시설을 설치한 법인이 사용한 것으로 간주해 세액공제할 수 있도록 했다.

또 동일한 부지내에 공장이 있더라도 제품별로 설비 및 건물이 별도로 있고 구분경리가 가능한 경우 공장별로 각각 다른 감면을 적용할 수 있도록 했다.

국세청은 하나의 투자자산에 대해 투자기간별로 임시투자세액공제와 다른 투자세액공제를
적용 받는 것은 중복적용으로 보지 않기로 했다.

또한 중소기업의 매출액·자본금·종업원수 등이 일정규모를 초과할 경우도 초과연도이후 3년간 중소기업으로 간주해 유예기간을 적용키로 했다.

종전에는 중소기업의 주된 사업이 중소기업 해당 업종의 다른 업종으로 변경되면서 규모가 초과되는 경우 각각의 업종이 모두 중소기업에 해당하는 경우에만 유예기간을 적용했으나, 앞으로는 중소기업의 주업종이 변경되어 중소기업 기준을 초과할 경우에도 유예기간을 적용하기로 했다.

최저한세 적용으로 이월공제액이 있는 법인이 경정결정 등으로 공제한도가 증가하는 경우에도 이월공제액을 추가로 공제해 경정결정을 할 수 있도록 했다.

또 90.1.1이후 설치된 수도권사업장의 투자배제규정 적용시, 분할신설법인의 사업장은 분할법인의 설치일을 기준으로 판단하기로 했다.

차입금 과다보유 법인이 다른 법인의 주식을 취득하는 경우 차입금의 이자 중 다른 법인주식 취득금액만큼은 손금부인하지만, 상법상 합병으로 인해 취득한 자기주식과 외국인 투자기업이 내국법인을 흡수합병하는 경우에는 피합병 법인의 주자가 합병후 존속하는 외국인 투자기업으로부터 취득한 주식은 타 법인주식의 범위에서 제외하기로 했다.

세무조정계산서인 자본금과적립금조정명세서에 과목별로 구분해 표시하는 경우 구분해 승계한 것으로 간주키로 했다.