국세청은 외환거래의 전면자유화조치 등으로 국제거래를 이용한 탈세행위에 효율적으로 대처하기 위해 국제조세관리관(2·3급)을, 각 지방국세청에 분산돼 있는 세무상담업무를 통합해 국세청 전화세무상담센터(센터장 4급, 일명 `콜센터')를 신설했다.

국세청과그소속기관직제시행령 및 시행규칙에 따르면 법인납세국 및 조사국에서 수행하던 국제조세관련 업무를 국제조세관리관에 이관하고 국제세원관리업무를 추가로 신설했다.

또 종전 세무상담업무를 수행하던 각 지방청의 납세지원과를 폐지하고 납세자보호과와 민원제도과를 납세자보호과로 통합했다.

현행 심사1·2·3과를 심사1·2과로 축소하고, 종전 심사청구업무는 물론 과세전적부심사청구업무까지 관장토록 했다.

신설된 원천세과는 법인세법 등 관련세법에 의해 원천징수되는 내국세의 신고·경정·환급·감면업무에 대한 분석 및 기획업무, 원천징수관련 금융상품의 자료수집 분석 및 세원관리 등의 업무를 집행토록 했다.

전산조사과는 전산조사의 기획조정 및 전산조사에 필요한 정보자료의 수집 및 분석업무는 물론 전산조사기법 개발 및 세무관서의 전산조사업무를 지원하게 된다.

또 기업의 전산회계처리와 관련된 제도의 개선 및 행정지도와 함께 전자상거래관련 정보자료 수집과 분석 및 조사계획을 수립하게 된다.

본청 조사2과는 내국세관련 탈세정보 및 음성세원정보에 대한 수집·종합분석 및 관리하고, 소득세(양도소득세 제외) 부가가치세 및 과세유흥장소에 대한 특별소비세에 대한 조사계획을 수립하고 분석하게 된다.

또 유통과정 및 면세에 대한 조사계획을 수립·분석하고 세금계산서 및 계산서 수수질서 문란행위에 대한 조사계획을 수립한다.

원천세과는 고소득전문직종 등에 대한 원천징수 관리를 강화하기 위해 법인납세국에 원천징수와 관련된 분석·기획업무를 추가하고, 전자상거래의 급증 등에 대응키 위해 조사국에 전자상거래와 관련된 자료의 수집분석 및 조사계획수립업무를 추가했다.

지방청 직제조정은 납세지원과가 폐지되고 기존의 송무1·2과를 법무1·2과로 명칭을 변경해 사무분장은 소송사무 및 과세전적부심사청구, 이의신청업무로 조정했다.

한편 국세청은 일선 세무서에 두는 課단위 직제도 개정했다.