국세청이 사상 최대의 세금 소송에서 원심판결을 뒤집고 대법원에서 승소해 화제가 되고 있다.

특히 이번 승소는 '90년 개정 조세감면규제법이 발효된 이후 잇따라 제기된 우성건설(1백22억원) (주)대우(39억원) 등 비슷한 유형의 법인세 소송에도 커다란 영향을 줄 것으로 보인다.

대법원 제2부는 지난달 29일 한국수자원공사가 대전세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송에서 원고승소판결을 내린 원심을 깨고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다.

재판부는 판결문에서 `한국수자원공사는 89년이전 조성한 공장용 토지를 90년이후 양도한 뒤 법인세를 신고하면서 구 법인세법의 비과세 조항을 계속 적용받아야 한다고 주장하고 있지만 개정된 조세감면규제법은 이를 명시적으로 규정하고 있지 않기 때문에 특별부가세를 내야 한다'고 밝혔다.

이에 앞서 수자원공사는 국세청이 지난 '90~'93년분 양도차익에 대해 8백1억원의 법인세를 부과하자 소송을 제기했다. 당시 수자원공사는 '89년이전에는 공장용 토지를 조성해 분양하면 법인세를 면제해줬다며 부동산경기 침체때문에 조성한 토지를 '90년이후에 팔았는데, 세법이 바뀌었다고 세금을 매기는 것은 부당하다고 소송을 냈었다.

이번 소송은 수자원공사가 공장용지 분양차익에 대해 세금감면을 받아오다가 '90년 `조감법'의 개정으로  대전지방국세청으로부터 '90년이전에 수자원공사측이 벌여온 시화지구 등 산업단지개발 분양토지에 대해 '90∼'93년분 양도차익에 8백1억원의 특별부가세가 부과되면서 시작됐다.

이에 대해 당시 대전고등법원은 `구 조감법 시행 당시 법인세 규정에 의해 부과할 특별부가세에 대해서는 종전 비과세 규정에 의한다'는 규정을 적용해 수자원공사의 손을 들어줬었다.

국세청 법무과 관계자는 “대법원에서 패소했을 경우 국세청이 수자원공사에 돌려줘야 할 세금은 99년분 법인세까지 합쳐 1천3백31억원이나 되고 가산금까지 합하면 사상 최대인 2천억원대의 국고를 일실할 뻔 했다”며 “현재 우성건설 및 (주)대우와의 법인세 취소소송에서도 1심에서 국세청이 승소한 만큼 좋은 결과가 있을 것”이라고 말했다.