국세청은 전자상거래의 효율적인 세원관리를 위해 민관합동 전자상거래 실무기획팀을 운영, 과세자료 확보방안을 강구하고 있다.

  국세청 관계자는 “전자상거래 활성화를 위한 세정상 지원대책을 논의하고 전자세금계산서 수수내역이나 지불내역 등 관련 과세자료의 효율적 확보방안 등을 강구하고 있다”며 “이를 위해 전자상거래 관련업계 실무자들이 참여하는 민관합동 전자상거래 실무기획팀을 운영하고 있다”고 밝혔다.

그는 “국가간의 전자상거래 과세방안에 대해서는 OECD회의 등에 우리 나라의 입장이 적극 반영될 수 있도록 재경부와 긴밀하게 협조해 나가고 있다”고 덧붙였다.
현재 국내 전자상거래 규모는 2000년 2천7백억원에서 2002년 1조4천억원으로 증가할 것으로 업계는 추정하고 있으며 온라인 쇼핑몰 수는 '97년 60여개, '98년 3백75개, '99년 1천여개에서 현재 1천5백개로 증가한 것으로 잠정집계되고 있다.

한편 미국은 전자상거래에 대한 부가가치세가 없으며 주정부 세금인 매상세(sales tax)가 부과됨이 원칙이나 '98년이래 Internet Tax Freedom Act에 의해 과세를 유예하고 있다.
유럽연합의 경우 대부분의 국가가 국내거래 및 국가간 재화거래에 대해 온라인거래와 오프라인거래를 과세상 동일하게 취급해 기존 세제를 그대로 적용하고 있다.

또 국경을 넘는 온라인상의 서비스(콘텐츠, S/W거래 등)거래에 대해서는 과세한다는 원칙을 정립한 상태에서 과세방법 등에 대해 OECD를 중심으로 논의중에 있는 상태다.
일본은 온라인거래에 대해서 오프라인거래와 동일하게 소비세(우리 나라의 부가세에 해당)를 과세하고 있어 기존거래와 동일한 과세체계를 적용하고 있다.