근본적으로 이전가격조사 이전에 양 과세당국간 과세정보를 상호 교환하고 조사 결과를 통보하는 등 공조체제를 유지하는 것이 바람직하다. 왜냐하면 국세청의 이전가격조사 결과는 관세청의 평가조사 결과와 연결되며 각 기관의 조사결과를 상호 인정해줄 때, 이중조사로 인한 납세자의 부담이 줄게 되고 이전가격 산정기준의 상이로 인한 외국기업의 불만도 제거돼 세무행정의 투명성 및 신뢰성이 보장될 것이기 때문이다.
한편 미국, 호주, 일본 등 대부분의 선진국도 우리와 같은 행정조직으로 이원화돼 있는 바, 미국의 경우 Internal Revenue Code(IRC) 제1059조 A(이전가격세제)에서는 동법 제482조의 특수관계자로부터 수입한 물품의 납세자는 조세목적상으로 관세평가시 고려된 가격보다 높게 산정할 수 없도록 돼 있어 관세평가시 인정된 과세가격은 조세목적상의 가격으로 인정되도록 돼 있으며, 또한 NAFTA 제1522조(관세청과 국세청의 업무협조)에서는 세관의 기업조사 또는 수사시 국세청으로부터 법인세 관련 자료를 제공받을 수 있도록 하고 있다.
또한 호주의 경우 관세청과 국세청간에는 '97.6월에 MOU(Memorandum of Understanding between the Australian Customs Service and the Australian Taxation Office) 체결로 양 기관간 업무협조가 가능하도록 돼 있으며, 호주의 Customs Administrative Act 제16조에 의해 호주 국세청이 자료를 요청할 경우 협조해 주고 있다.
물론 관세 당국과 내국세 당국이 통합된 행정조직내에 있는 국가는 이와 같은 협조체제는 필요하지 않을 것이다.
