조세특례제한법 제26조의 개정으로 정상납부방법(직전사업연도 법인세 기준납부법인)에 의하여 중간예납하는 법인이 중간예납기간중에 조세특례제한법 제26조제1항의 규정이 적용되는 투자를 한 경우 중간예납세액에서 투자금액에 상당하는 임시투자세액공제액을 차감하여 납부할 수 있다. 다만, 임시투자세액공제액을 차감한 후의 중간예납세액이 직전사업연도 최저한세의 50% 상당액(직전사업연도에 최저한세를 실제 적용받았는지와는 무관함)에 미달하는 경우 미달하는 세액에 상당하는 임시투자세액공제액은 차감하지 않는다.
◇중간예납신고서식 변경(법인세법시행규칙 별지 제58호)
중간예납시 임시투자세액공제제도가 신설됨에 따라 `법인세중간예납신고납부계산서' 서식이 개정(2002.3월경 소급 개정 예정임)된 만큼 개정서식에 의하여 중간예납을 해야 한다.
중간예납대상 법인은 각 사업연도의 기간이 6월을 초과하는 법인은 사업연도 개시일로부터 6월간을 중간예납기간으로 중간예납세액을 계산, 납부하여야 한다.
◇자기계산 납부대상 법인
중간예납기간을 1사업연도로 보아 납부해야 하는데 이때 ▶직전사업연도(2000.1∼12월)의 법인세액이 없는 법인(다만, 유동화전문회사 증권투자회사 기업구조조정투자회사는 제외) ▶중간예납기간 만료일까지 직전사업연도의 법인세액이 확정되지 않은 법인 ▶분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인의 분할후 최초사업연도 등이 해당된다. 다만, 당해 중간예납 기간을 1사업연도로 하여 가결산에 의하여 과세표준 및 납부세액을 계산·납부할 수 있다.
결손 등으로 직전사업연도의 법인세 산출세액없이 가산세로서 확정된 세액이 있는 경우에는 가결산에 의해 납부해야 한다.
◇중간예납 의무가 없는 법인
▶2001년중 신설법인(합병 또는 분할에 의한 신설법인 제외) ▶중간예납기간에 사업수입금액이 없는 법인 ▶청산법인 ▶이자소득만 있는 비영리법인 중 분리과세방법으로 법인세를 신고·납부하고자 하는 법인(법인의 임의선택사항임) ▶개인에서 법인으로 전환한 최초사업연도 법인 ▶국내사업장이 없는 외국법인 등이다. 다만, 중간예납기간중에 이자소득 이외의 수익사업이 최초로 발생한 비영리법인은 중간예납의무가 있다는 점을 유의해야 한다.
◇중간예납 대상기간
원칙적으로는 당해 사업연도 개시일부터 6월간이다. 그러나 사업연도를 변경한 경우는 변경전 사업연도 개시일부터 변경후 사업연도 개시일 전일까지의 기간이 6개월을 초과하면 변경전 사업연도 개시일로부터 6월간이다.
변경후 사업연도의 기간이 6개월을 초과하는 경우 변경한 사업연도의 개시일로부터 6월간이며 합병 또는 분할로 인하여 설립한 신설법인의 경우 사업연도 개시일(설립등기일)로부터 6월간이다.
◇중간예납 세액 계산
합병후 신설·존속법인의 직전연도 산출세액은 합병에 의해 신설한 법인의 합병후 최초 중간예납시에는 소멸법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 산출세액으로 해야 한다.
흡수합병으로 인한 존속법인의 최초 중간예납시에는 합병후 존속법인의 직전사업연도의 산출세액과 합병후 소멸법인의 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 산출세액의 합으로 한다.
◇감면세액
직전 사업연도 감면세액에는 소득공제와 비과세소득은 제외되나 외국납부세액 공제액과 세법 이외의 법률(예:외자도입법)에 의한 감면세액은 포함된다.
또 법인세 감면범위가 직전 사업연도와 상이하게 된 때에도 감면세액을 조정하지 아니하고 직전사업연도의 감면세액을 그대로 공제(직전사업연도 법인세를 기준으로 중간예납하는 경우에 한함)해야 한다.
