기업의 투자결정은 중·장기적으로 이뤄지고 있지만, 임시투자세액공제제도가 지나치게 단기적으로 운영됨에 따라 정부의 기업투자 유인효과가 제대로 발휘되지 못하고 있다는 지적이 일고 있다.

임시투자세액공제제도를 초단기적으로 운영하는 이유는 법령에 규정돼 있듯이 경기 조절을 목적으로 하기 때문이다.

그러나 기업의 투자회수 기간은 통상 2∼3년이어서 제도의 실효성이 없다는 것이 업계의 한결같은 목소리다.

이에 따라 기업투자를 활성화하기 위해서는 임시투자세액공제 운영기간을 6개월에서 최소한 2년으로 연장하는 것이 바람직하다는 주장이다.

즉 경기조절 목적보다는 투자 촉진을 위한 제도로 운영해야 한다는 것.

업계 관계자들은 "장기적으로는 기업투자에 대한 세액공제를 상시제도로 전환하는 방안도 검토해야 한다"면서 "이 경우 대상업종을 R&D나 첨단기술 관련 산업 등으로 축소하거나 현행 10%인 공제율을 경기상황에 따라 조정하는 방안 등도 고려해야 한다"고 제시하고 있다.

한편 다른 투자세액공제는 투자 완료시점에도 세액공제를 신청할 수 있는 반면, 임시투자세액공제는 6개월 단위로 운영돼 기한이 만료되는 시점에 반드시 세액공제를 신청해야 한다.

그러나 설비 투자를 하면서 기업들은 세액공제 대상이 아닌 건물이나 구축물 등의 투자를 동시에 하는 경우가 많아, 투자가 완료되지 않은 시점에 세액공제대상 투자비를 산출하기에는 실무적으로 어려움이 있다고 입을 모으고 있다.

기업체 경리담당 임원들은 "임시투자세액공제제도의 운영기간을 늘릴 경우 이러한 실무적인 어려움도 자연스럽게 해소될 것으로 보인다"면서 "임시투자세액공제제도 운영의 또다른 문제점으로는 대체투자에 대한 기업과 과세당국과의 시각 차이를 비롯해 생산설비의 노후로 인한 설비를 일부분 교체하는 대체투자의 경우, 임시투자세액공제 혜택을 받을 수 있는지 여부에 이견이 있다"고 말했다.

그는 이어 "과세당국은 국세청 기본통칙 5-0…3(투자세액공제 대상자산의 범위)을 근거로 동일한 성능을 가진 설비로 대체하는 것(재정경제부)과 개량에 해당하는 경우(국세청)도 임시투자세액공제 대상이 아니라는 입장"이라고 덧붙였다.

국세청 기본통칙 5-0…3(투자세액공제 대상자산의 범위)은 중고품에 의한 투자, 기존설비에 대한 보수 또는 자본적 지출, 운용리스 조건으로 설치한 시설투자는 임시투자세액공제 적용대상이 아니라는 것.

그러나 설비의 일부분을 계량하거나 신규 교체하는 것도 효과적인 투자방법이지만, 기업 입장에서는 세액공제를 받겠다고 설비 전부를 교체할 수는 없는 일이라고 토로하고 있다.

또한 과세당국의 입장대로라면 지금까지 관행상 대체투자로 세액공제를 받아온 상당수 기업들에게 세금 추징과 가산세 부과가 될 수도 있다.

기업체 관계자는 "더이상의 불필요한 논란을 없애기 위해 대체투자의 포함 여부 등 임시투자세액공제를 받을 수 있는 투자의 범위를 명확히 규정할 필요가 있다"면서 "기업 입장에서는 국세청 기본통칙을 개정해 대체투자를 포함시키는 등 공제대상 범위를 확대해 줄 것을 기대하고 있다"고 밝혔다.

이와 함께 조세감면이 종료될 경우 환경사업이나 유통사업 육성에 차질이 우려되고 있다는 지적이 제기되고 있어 과세당국의 관심이 요구되고 있다.

환경산업의 경우, 기업들이 아직까지는 환경 보전에 대한 책임감도 부족하고 투자를 해야 한다는 인식도 보편화되지 않은 것이 현실인 만큼 정책적인 배려가 필요하다는 입장이다.

우리 유통구조의 후진성을 고려할 때 유통 합리화는 기업의 수익성 측면뿐만 아니라 산업구조 전반의 효율성을 제고하는 첫걸음이라는 점에서 보다 적극적인 육성정책이 필요하다고 주장하고 있다.

업계 관계자는 "지난해 산업재해를 당한 근로자는 1천만 명을 넘었고, 손실액은 10조1천16억원으로 노사분규로 인한 손실의 약 6배(노동부)인 점을 감안해 보다 적극적인 육성정책이 필요하다"고 전제한 뒤 "산업의 중요성을 감안해 공제율을 7%로 상향 조정해야 한다"고 강조했다.

한편 조세감면이 종료될 경우 사회간접자본(SOC) 투자를 활성화하기 위한 민간 투자재원 확보에 어려움이 예상되고 있다는 지적이다.

이 제도가 연장된다 해도 실효성 확보방안이 마련될 필요가 있고, 만기 12년은 큰 메리트가 없다는 것이 업계의 입장이다.

2000년부터 이자소득세율이 종전 22%에서 15%로 인하됐다지만 금리가 계속 하락하면서 이자소득을 통한 유인효과가 감소되고, 이런 상황에서 고액 자산가들의 경우 종합과세와 분리과세의 세율 차이(21%P)만 보고 선뜻 투자하기를 꺼리고 있기 때문에 만기 인하 또는 소득세 비과세를 적극 검토해야 한다고 입을 모으고 있다.

특히 연구인력개발비 세액공제제도는 기업입장에서는 R&D와 관련된 각종 조세지원제도 중 가장 활용하기 쉽고 지원효과도 높은 제도로 인식되고 있다.

R&D의 중요성을 감안할 때 이 제도의 폐지는 기업과 국가경쟁력 약화를 초래할 것이라고 업계는 전망하고 있다.

한국산업기술진흥협회 산업기술백서에 따르면 기업부설 연구소의 연구인력개발비 세액공제 금액은 '99년 4천500억원, 2000년 5천600억원, 2001년 1조70억원으로 매년 증가추세에 있다.

업계는 이 제도가 연장된다 하더라도 일몰규정으로 운영됨에 따라 기업 R&D를 유도하고자 하는 정책목표의 효과성을 떨어뜨릴 것으로 보고 있다.

대기업의 경우, 2001년부터 연구인력개발비용에 대한 5% 세액공제를 받지 못하고 직전 4년간 발생한 연구인력개발비 평균비용을 초과하는 금액에 대해서만 세액공제를 받을 수 있어, 장기적으로 연구개발계획을 세우고 적극적으로 투자하려는 의욕을 감소시키고 있는 것으로 나타났기 때문이다.

한해 연구인력개발비용을 많이 투입해 세액공제를 많이 받게 되면 다음해부터 4년간 세액공제액이 줄어들 수밖에 없는 구조적인 문제점이 노출되고 있다는 것.

이러한 구조적인 문제는 경제상황이 나쁘면(R&D가 상대적으로 줄어) 전혀 조세지원을 받을 수 없고 경제상황이 좋으면 조세지원이 늘어나게 되는 문제점도 노출되고 있다.

또 조세지원을 더 많이 받기 위해서는 R&D를 기간별로 차등화하는 것이 유리해지기 때문에 기업의 R&D 의사결정을 왜곡할 우려도 제기되고 있다.

이와 함께 세액공제율을 올해 하향 조정(대기업의 경우 50→40%)한 것은 주요 선진국들에 비해 국내 기업들의 R&D투자가 부족한 상황에서 적절하지 못한 정책대응이기 때문에 이 제도는 연장뿐만 아니라 R&D 지원의 효과성 측면에서 영구화 필요가 있다고 주장하고 있다.

즉 대기업의 R&D를 촉진하고 조세지원으로 인한 R&D 의사결정 왜곡을 방지하기 위해 당해 연구인력개발비에 대한 고정비율의 세액공제를 허용하는 것이 바람직하다는 것.

세액공제율은 3∼10% 수준에서 결정하는 한편, 세액공제 대상을 확대하는 방안도 검토할 필요가 있다고 강조하고 있다.

현재는 세액공제가 허용되는 비용에 연구시설의 임차비용이 해당되지만, 기업 자체 연구시설의 유지·보수비용 및 감가상각비 등은 제외되고 있어 기업의 R&D 활동에 꼭 필요한 연구소 운영비 등에 대한 세액공제가 불가능하다고 토로하고 있다.