◆세무조사 운용=세무조사를 다른 정책 달성을 위한 수단으로 남용하거나 조세당국이 자의적으로 운용하는 것을 막기 위해서는 우선 조세당국이 세무조사를 과세목적을 위해서만 사용하겠다는 점을 공개적으로 선언하고 이를 철저히 지키려는 자발적인 노력이 필요하다.

또 세무조사의 남용금지를 관련법에 명시하는 방법이 있는데 이 경우 제재규정이 없이 선언적으로 규정하는 방법과 제재규정을 두어 금지하는 방법이 있을 수 있다.

위반시 처벌규정을 두는 방법이 강력하기는 하지만 남용의 범위, 위반시 처벌대상자 등을 결정하기가 어려운 점을 고려할 때 현실적으로 입법화하기는 쉽지 않다.

따라서 세무조사의 남용금지 자체를 법에 규정하는 경우 선언적인 규정을 두어 방향을 명백히 하고 절차적인 규정의 정비와 조사대상자 선정의 객관화·투명화를 명문화함으로써 세무조사의 남용을 방지하는 방향으로 나가는 것이 바람직하다.

세무조사가 실적위주로 이뤄지지 않기 위해서는 조사공무원에 대한 평가가 추징실적에 의해 이뤄지지 않도록 과세당국의 평가제도가 갖추어져야 한다.

세수실적을 위해 세무조사의 강도를 조절하는 것은 세무조사대상의 선정이 전산분석 등 객관적인 기준에 따라 이뤄지고 조사사유가 구체적으로 통지되는 등 세무조사의 절차가 마련되면 어느 정도 해소될 것이다.

세무조사의 결과공개는 국민의 알권리와 사생활의 비밀보장이 충돌하는 영역이고 사생활의 비밀보장이 우선된다는 것이 판례이기도 한 만큼 사생활의 비밀보장이 문제되지 않는 경우는 공개하는 것이 바람직하다.

납세자의 동의가 있거나 외부감사대상이 되는 기업 등은 이런 경우에 해당될 수 있으므로 국세기본법 제81조의8을 예외로 하여 공개하도록 법을 개정하는 것이 필요하다.

◆납세자 권리보호측면=개별 세법에 따로 규정된 질문검사권, 질문조사권의 요건 등을 정비해 일관되게 규정하고 국세기본법 등에 세무조사권에 대한 통칙적인 규정을 두는 것이 필요하다.

즉 세무조사권에 대한 국세기본법 등에 통칙적인 규정을 두어 모든 질문조사권은 이에 따르게 하고 개별 세법에서는 이와 달리 정해야 할 사항을 규정하는 체계로 정비되어야 한다.

국세기본법 제81조의6에 의해 7일전에 하게 되어 있는 세무조사의 사전통지기간을 14일이상으로 확대하고 조사사유도 형식적으로 기재할 것이 아니라 구체적으로 기재하도록 해야 한다.

세무조사대상으로 선정된 사유도 사전에 통지해야 한다. 이 경우 조사대상자 선정에 이의가 있는 경우 조사대상자로 선정된 이유에 대한 이의제기가 가능하도록 불복절차를 마련하는 것도 필요하다.

현재는 국세기본법 제81조의4에 따라 변호사·세무사 등 세무전문가의 조력을 받을 권리가 규정되고 이들이 입회해 의견을 진술할 수 있게 하는데 그치고 있으나, 이를 확대해 세무전문가가 납세자를 대리해 세무조사를 받을 수 있도록 개정해야 한다.

납세자의 권리에 대한 절차적 보장을 강화하기 위해서는 영국·미국에서와 같이 절차적 위법이 있는 경우에 이를 통한 세무조사의 결과를 무효화하는 조치가 필요하겠지만, 법체계가 다른 우리 나라에서는 이를 전면적으로 수용하기는 어려운 만큼 납세자의 권리를 보장하기 위한 절차적 규정의 위반에 대해 제재하는 처벌규정을 두는 등 방안을 강구해야 한다.