대주주의 대량거래 과세의 입법취지는 장기적으로 금융종합소득과세를 통해 과세근거가 포착되면 상장주식의 양도차익에 대해 전부 과세하는 방향으로 전환하겠다는 것이 기본 방침이다.

이는 잠정적으로 대주주의 대량거래에 대해서만 변칙상속의 우려 등의 정책적 목적을 감안해 이를 과세대상으로 하고 있다.

그러나 지난 '99년말 소득세법의 개정으로 과세대상이 대주주의 대량거래에서 대주주의 거래분이면 1주라도 모두 과세대상으로 하고 있어 입법의 타당성을 인정하기 어렵게 하고 있다.

원론적으로 대주주는 고소득자이고 이들의 소득에서 양도소득이 차지하는 비율이 높을 것이라는 점은 추지할 수 있어도 상장주식에 대해 양도소득세를 비과세하기로 하는 정책을 현행처럼 유지하는 동안에는 과세중립성이 저해된다는 비난을 면하기 어렵다.

현행 과세요건은 상장주식 양도차익의 납세의무자는 대주주에 한하고 있다. 그러나 대주주 지분의 계산방법이 직접소유지분에 한하는지 아니면 간접소유지분도 포함하는지가 불명확하고 또한 그 과세기준이 3%로 설정된 취지가 불명확하다.

이 과세기준을 상장주식의 주식거래에 적용되는 기본법인 증권거래세법과 연관성을 볼 때 현행 지분보유비율 3%를 규제의 대상으로 설정하고 있는 사례가 없다. 따라서 지난 '99년말 개정으로 대주주의 기준을 3%로 설정한 입법이유에 대해서는 설득력을 잃고 있음을 반증하고 있는 것이다.

'99년말 개정된 소득세법은 상장주식의 1%이상의 대량거래에 한해 과세하던 종전의 태도를 버리고 1주이상의 모든 거래를 과세대상에 포함하고 있다.

'98년말 처음 이 규정을 도입할 때는 주식을 이용한 변칙상속을 규제한다는 취지를 가지고 있었으나 지금은 1주이상의 거래로 인한 양도차익을 모두 과세대상으로 하고 있어 변칙상속 규제라는 취지를 충분히 반영하고 있지 못하고 있는 문제점을 드러내고 있다.

또한 적어도 1%이상이면 회사의 지배주식의 크기에 준하는 주식의 이동이 있고 이러한 이동에 수반되는 초과수익에 대해 과세하는 취지는 이해할 수 있으나 현행 규정으로는 그 입법취지를 이해하기 어렵다.

배당소득과 양도차익간의 소득의 재분류를 이용한 배당소득의 과세회피방법으로 활용된다는 충분한 실증적인 통계가 뒷받침되지 않는한 상장주식거래에서 대주주 지분의 양도과세 타당성에 대해서는 새로운 검토가 요구되고 있다.