최대 50% 높은 공제율에 부당공제 시도 빈번

국세청, 지난해 검증 실시해 864곳 적발 270억 추징

 

 

국세청이 연구·인력개발비 부당 세액공제 혐의자를 정밀 분석·검증한 결과 지난해 864개 기업으로부터 270억원을 추징한 것으로 나타났다.

 

연구·인력개발비 세액공제는 기술 축적 및 우수 인력 확보 등 기업의 대외경쟁력을 높이기 위해 해당 비용 중 일부 비용에 대한 법인세·소득세를 공제하는 것을 말한다.

 

공제대상은 내국인이 ‘연구개발’과 ‘인력개발’의 정의에 부합하는 활동을 위해 지출한 비용 가운데 세법에서 정하는 비용에 대해서만 세액공제되며, 신성장·원천기술·국가전략기술과 그 외 일반 연구개발을 구분해 해당 지출비용의 최대 50%까지 공제하고 있다.

 

2023년 기준으로 연구·인력개발비 세액공제는 4조6천억원으로 조세특례제한법상 조세지원 제도 가운데 조세지출 규모가 가장 크며, 높은 공제율이 적용되는 신성장·원천기술 및 국가전략기술 범위가 꾸준히 확대되는 등 지원이 강화되어 공제 규모가 지속적으로 증가하는 추세를 보이고 있다.

 

이와함께 지난 2010년 신성장·원천기술은 28개 분야 91기술에 그쳤으나, 올해들어 14개 분야 273개 기술로, 국가전략기술은 21년 당시 3개 분야 34개 기술에서 올해 7개 분야 71개 기술로 각각 확대됐다.

 

그러나, 연구개발 활동은 하지 않고 허위 연구소를 설립해 부당하게 세액공제 받거나, 타인의 연구논문을 베껴 제출하는 등 제도를 악용한 조세회피 행위가 여전히 근절되지 않고 있는 실정이다.

 

국세청이 지난해 적발한 연구·인력개발비 부당공제 사례에 따르면, 타인 논문 등을 도용한 자료를 제출해 연구개발 활동을 가장한 사례가 적발됐다.

 

 

재활의학 병원인 A기업은 연구개발 활동에 지출한 연구원의 인건비 0천만원에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다.

 

국세청은 연구 증거서류로 제출한 연구보고서 등을 검토한 결과, 연구개발 활동 없이 타인의 논문을 인용하고 재활치료 장면 사진 모방, 검증 수치 단순 변형해 연구개발 활동을 가장한 사실이 드러났다.

 

A기업은 또한 사후관리 과정에서 제출한 연구보고서, 연구노트 등 연구개발 증거자료와 사후관리 해명자료를 용역계약 체결한 컨설팅 업체가 대리 작성해 주고, 사후관리 결과 세액공제가 부인되자 용역계약을 해제하는 등 불법 컨설팅 정황도 포착됐다.

 

국세청은 연구개발 활동 없이 타인의 논문을 단순 인용해 부당하게 공제받은 인건비 0천만원을 부인하고 0천만원을 추징했다.

 

일반직원을 연구원으로 허위 등록해 부당하게 세액공제 받은 사실도 밝혀져, 교육서비스업을 영위하는 B기업은 연구개발 활동에 지출한 연구원의 인건비 0천만원을 연구·인력개발비 세액공제을 신청했다.

 

국세청은 연구 증거서류로 제출한 연구보고서 등을 검토한 결과, B기업이 수행한 활동은 교육서비스를 제공하기 위한 일반적인 사업활동으로 세법상 연구개발에 해당하지 않았으며, 기획·홍보·교육·운영 등 관리 및 지원 업무를 수행하는 강사 및 일반직원을 연구원으로 허위등록한 사실도 확인했다.

 

국세청은 연구원으로 허위등록한 강사 및 일반직원의 인건비 0천만원을 부인하고 0천만원을 추징했다.

 

일반 연구개발을 공제율이 높은 신성장·원천기술 연구개발로 공제받은 사례도 적발됐다.

 

C기업은 바이오 분야 연구개발을 수행하고 연구원의 인건비 0천만원에 대해 신성장·원천기술 연구개발 공제율 40%를 적용해 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다.

 

국세청은 연구 증거서류로 제출한 연구보고서 등을 검토한 결과, C기업이 수행한 활동은 일반 연구개발로 조세특례제한법 시행령 [별표7]의 신성장･원천기술의 범위에 해당하지 않은 것임을 밝혀냈으며, 연구원 가운데 주식 10% 초과 보유한 주주인 임원과 관리업무를 수행하는 직원에 대해 세액공제 받은 것을 확인했다.

 

국세청은 주식 10% 초과 보유한 주주인 임원과 관리직원의 인건비 0천만원 부인한데 이어, 신성장·원천기술을 적용한 연구개발비 0천만원에 대해 일반 연구개발 공제율(25%) 적용해 0천만원을 추징했다.

 

연구소로 인정받지 않은 기업이 조작된 해명자료 제출한 사례도 드러났다.

 

D기업은 연구개발 활동에 지출한 인건비 0천만원에 대해 연구·인력개발비 세액공제을 신청하였으나, 국세청은 연구소 인정 현황이 확인되지 않아 이에 대해 해명을 요청했다.

 

D기업은 연구소 인정기관인 한국산업기술진흥협회(이하 ‘산기협’)으로부터 받은 연구소 인정 관련 내용을 해명자료로 제출했으나, 같은 해명자료 내에서도 인정기간, 인정번호 등이 상이한 점을 발견됐으며, 산기협에 문의한 결과 해당 업체는 사후관리 대상기간 이전에 연구소를 자진 취소했고, 그 이후 재인정받은 사실이 없는 것으로 확인되는 등 해명자료를 조작하여 제출한 정황이 포착됐다.

 

국세청은 인정받지 않은 연구소의 연구원 인건비 0천만원을 전액 부인하고 0천만원을 추징했다.

 

연구개발출연금을 세액공제에서 제외하지 않고 과다공제 받은 사례도 있다.

 

E기업은 정부기관과 협약에 의해 정부지원과제를 수행하고 국가로부터 연구개발출연금 0억원을 수령했다.

 

이후, 연구·인력개발세액공제 신청 시 ‘연구개발출연금 등 수령명세서’에 출연금 수령 관련 현황을 작성하지 않았으나, 국세청이 연구개발비 사용내역 등을 검토한 결과 정부지원과제를 수행하면서 국가로부터 지급받은 연구개발출연금을 연구개발비로 지출했으나 세액공제 시 연구개발출연금을 포함하여 신청한 사실이 밝혀졌다.

 

국세청은 조세특례제한법 제9조제1항의 규정에 의해 국가 등으로부터 연구개발출연금을 지급받아 연구개발비 및 인력개발비로 지출하는 금액은 연구･인력개발비 세액공제 제외대상에 해당함을 고지한 후, 연구개발출연금 0억원에 대해 세액공제를 부인하고 0천만원을 추징했다.