영농조합법인이 농업경영체 등록확인서를 세무서에 제출하지 않았다고 해서 법인세 면제 신청을 거부할 수 없다는 대법원 판단이 나왔다.

대법원 제2부는 A영농조합법인이 이천세무서장을 상대로 낸 법인세 부과 처분 취소 상고심에서 원고 패소로 결정한 2심을 깨고 사건을 수원고등법원으로 돌려보냈다.

대법원에 따르면, A영농조합법인은 2015, 2016 사업연도 법인세를 신고하면서 구 조세특례제한법 제66조의 식량작물재배업 소득에 대해 법인세 면제를 신청했다.

그러나 이천세무서는 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다는 이유로 법인세를 면제하지 않고 경정 고지했다.

조특법에 따르면, 농어업경영체법에 따른 영농조합법인에 대해서는 2018년 12월31일 이전에 끝나는 과세연도까지 식량작물재배업 소득 전액과 식량작물재배업 소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해 법인세를 면제한다.

또 시행령에서는 법인세를 면제받으려는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 세액면제신청서 및 면제세액계산서와 농업경영체 등록확인서를 관할세무서장에게 제출하도록 규정했다.

대법원은 해당 조특법은 법인세 면제 대상을 농어업경영체법에 따른 영농조합법인으로 규정할 뿐, 영농조합법인이 농업경영 정보를 등록할 것을 법인세 면제 요건으로 규정하지 않았다고 밝혔다.

납세의무자로 하여금 면제 신청에 필요한 서류를 관할세무서장에게 제출하도록 협력의무를 부과한 것이라고 했다.

대법원은 농업경영체 등록확인서를 추가로 제출하도록 정한 취지는 등록확인서를 통해 해당법인이 농어업경영체법에서 정한 영농조합법인의 요건을 갖췄는지를 확인하려는 데에 있지 면제대상을 제한하려는 데에 있지 않다고 밝혔다.

이에 따라 대법원은 농업경영체 등록확인서의 제출을 법인세 면제요건으로 정한 것으로 본다면 법인세 면제 신청의 절차만을 위임한 모법의 위임범위를 벗어나게 되며, 원심의 판단은 이러한 법인세 면제대상 영농조합법인의 범위에 관한 법리를 오해해 판결에 영향을 미친 잘못이 있다고 판결했다.