현행 부가가치세법 제5조(등록)에 따르면 신규로 사업을 개시하는 경우, 사업장마다 대통령이 정하는 바에 따라 사업개시일로부터 20일이내에 사업장을 관할하는 세무서장에게 등록해야 한다.

다만 신규로 사업을 개시하고자 하는 경우 사업개시일전이라도 등록할 수 있다. 

부가가치세법 시행령 제60조(매입세액의 범위)제1항에서 나온 법 17조제2항제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 '등록신청일로부터 역산해 20일 이내의 것을 말한다.

某지방청 조사3국 Y某씨는 이와 관련 "현행 부가세법 제5조에서 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 사업자등록할 수 있다는 내용은 부가세법 시행령 제60조제8항과 상반되는 경향이 있는 만큼 검토가 필요하다"고 지적했다.

통상적으로 상가분양시 계약과 동시에 주민등록번호로 세금계산서를 받은 후 사업자등록을 언제 하느냐에 따라 등록전 매입세액을 공제받을 수도 있고 안되는 경우가 있는데 이 문제에 대해 검토하면 부가가치세법 시행령 제60조제8항에서 역으로 계산해 20일이내가 문제가 된다는 것.

그는 이어 "모든 문제는 발생한 때로부터 언제까지 해야 한다고 돼 있으나 이 부분만큼은 역으로 계산하다보니 혼동이 생길 수밖에 없다고 판단돼 법령을 개선해야 할 것으로 판단된다"고 강조했다.

세금계산서 교부일 2004.6.28인 경우, 사업자등록을 역으로 계산하면 2004.7.16까지 해야만 매입세액 공제가 가능하다.

실제는 역으로 계산하면 2004.7.17일까지 사업자등록을 하면 공제가 가능하나 17일이 제헌절로 납세자가 공휴일로 2004.7.19에 등록하는 경우 역으로 계산하면 22일이 돼 역으로 계산하면 20일을 초과해 등록전 매입세액을 공제받을 수 없는 폐단이 있다.

Y某씨는 "부가가치세법 제17조제2항제5호에서의 단서조항이 삭제 가능하다"고 제시했다.

또 부가가치세법 시행령 제60조제8항을 비롯해 법 제17조제2항5호에서 '대통령이 정하는 것'을 삭제하고, 부가가치세법 제5조 단서조항으로 대체하면 될 것이라고 제안했다.

따라서 이를 '다만 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다'의 조문을 '다만 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있으며, 사업자가 사업자 등록전에 세금계산서를 교부받은 자는 세금계산서를 교부받은 날로부터 20일이내에 등록해야 한다'고 개선할 필요가 있다.

이럴 경우, 납세자가 역으로 계산할 필요도 없고 신청일이 공휴일이면 신청기한이 자동으로 다음날로 연기되는 효과가 있기 때문이다.