국세청, 지난해 첫 도입한 R&D 사전심사제도 본청 이어 지방청까지 확대

본청-일반기업·중견기업 사전심사…지방청-중소기업·개인사업자 전담

사전심사 신청시 감면사후관리대상 제외 및 과소신고가산세 면제 혜택

세제혜택 큰 ‘신성장·원천기술 연구개발비’ 기술검토는 한국산업기술진흥원서 별도심사

 

국세청이 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 사전심사제도를 지난해 첫 도입한 가운데, 올해에는 각 지방청 법인세과에 R&D 세액공제 사전심사 전담팀이 신설됐다.

 

지방청내 신설된 전담팀은 R&D 세액공제 사전심사와 함께 세무상담 등 자문서비스를 제공하는 등 사전심사 신청 기업이 연구개발 투자와 인적자원 투자에 전력할 수 있도록 지원하는 업무를 담당하게 된다.

 

기업규모별로 사전심사 접수처 또한 구분돼 일반기업과 중견기업의 R&D 세액공제 사전심사는 본청 법인세과 공익중소법인지원 4팀에서, 중소기업과 개인사업자의 사전심사는 지방청 법인세과 사전심사 전담팀에서 각각 전담하게 된다.

 

국세청은 18일 전국 7개 지방청 법인세과에 R&D 세액공제 사전심사 전담팀을 신설, 혁신성장기업 등 중소기업에 대한 사전심사를 보다 신속·정확하게 하는 등 성실신고를 최대한 지원하겠다고 밝혔다.

 

 

이와 관련, 현재 운영 중인 세액공제·감면제도의 경우 대부분 기업규모와 업종·수입금액 등 형식적 요건만 규정하는 것과 달리, R&D세액공제는 실질적 요건까지 부합해야 한다.

 

R&D세액공제의 경우 조세절감 효과가 탁월한 반면, 공제대상 비용범위, 연구·인력개발 활동 여부 등에 대해 사업자와 과세관청간 견해 차이가 상당히 큰 규정 탓에 향후 세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징됨에 따라 사업자에게 부담이 가중될 수 밖에 없다.

 

 

일례로 타 사의 국가연구개발 과제 내용을 복제 및 재현한 경우 R&D 세액공제가 불인정되며, 연구를 수탁받아 수행한 R&D 활동 또한 불인정된다. 이외에도 주주인 임원을 전담연구원으로 등록해 지불한 인건비와 연구전담부서로 등록하지 않은 기업에 지출한 위탁개발비, 연구시설 건물 임차료 등은 세액공제 대상에서 제외된다.

 

이 때문에 지난해부터 도입된 R&D사전심사를 이용할 경우 사전에 세액공제 적정 여부를 확인받아 해소할 수 있다.

 

2019년 한해에만 4만2천여개 기업이 2조3천억원의 혜택을 누린 R&D세액공제 혜택은 기업이 R&D세액공제 사전심사 결과에 따라 법인세 또는 소득세를 신고할 경우 신고내용 확인 및 감면사후관리대상에서 제외되며, 이후 심사 결과와 다르게 과세처분되더라도 과소신고가산세가 면제되는 혜택을 받는다.

 

다만, 심사 과정에서 신청인이 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 앞서 제공되는 혜택에서 배제된다.

 

R&D세액공제 사전심사 신청대상은 R&D 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자다. 

신청기한은 매년 법인세(소득세) 과세표준 신고 전까지 사전심사를 신청할 수 있으나, R&D세액공제 신청 누락분에 대해서는 경정청구, 수정신고, 기한후 신고 전까지 가능하다. 또한 R&D세액공제를 법인세(소득세) 과세표준 신고시 아예 신청하지 않은 경우에도 심사 신청이 가능하다.

 

신청방법은 홈택스(www.hometax.go.kr), 우편, 세무서 민원봉사실 또는 본·지방청 법인세과를 통한 방문접수 등 모두 가능하며, 이미 지출한 R&D 비용 뿐만 아니라, 지출예정비용 및 전체 비용 가운데 일부 항목에 대해서도 신청이 가능하다.

 

신청서류는 ‘R&D 세액공제 사전심사 신청서’, ‘연구개발비 명세서’, ‘연구개발보고서’, 기타 세액공제 대상임을 증명할 수 있는 서류를 제출해야 한다.

 

이렇게 접수된 사전심사 신청서는 기업 규모별로 심사관할이 나눠져, 중소기업·개인사업자의 사전심사는 각 지방청 법인세과 사전심사 전담팀에서, 일반기업·중견기업에 대해서는 국세청 법인세과 공익중소법인지원 4팀에서 각각 심사에 나선다.

 

심사방법은 R&D에 대해 기술검토 및 비용검토로 구분해 진행돼, 신청인의 R&D활동이 조특법의 ‘연구개발’, ‘인력개발’ 정의에 맞는지를 기술검토하고, R&D에 지출한 금액이 조특법에 해당하는 공제대상 금액인지를 검토하게 된다.

 

특히 R&D비용은 ‘신성장·원천기술 연구개발비’와 ‘일반 연구·인력개발비’로 구분되며, 일반 연구·인력개발비보다 세제상 혜택이 큰 ‘신성장·원천기술 연구개발비’에 대한 기술검토는 한국산업기술진흥원에서 별도로 심사를 진행한다.

 

 

사전심사는 신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사를 원칙으로 진행하되, 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우 보완요구하거나 현장확인이 진행될 수 있다.

 

특히 사전심사결과에 대해 이의가 있는 경우에는 재심사 청구도 가능하다.

 

국세청은 R&D세액공제 사전심사제도를 기업이 보다 원활하게 이용할 수 있도록 국세청 누리집(www.nts.go.kr) 안내코너에 그간의 심사사례를 게시하고, 홈택스 안내게시판에는 R&D 세액공제 간이계산기를 만드는 한편, ‘인터넷 접수목록 조회 화면’을 통해 심사단계별 진행사항을 안내해 R&D세액공제에 대한 납세편의 서비스를 제공할 방침이다.

 

또한 R&D세액공제 사전심사 사례집을 매년 발간과 함께, 기술검토를 위해 채용한 산업분야별 전문 기술인력을 활용해 R&D 세액공제 사전심사를 더욱 정밀하게 운용할 계획이다.