한 일선세무서가 치밀한 기획분석을 통해 의제매입세액공제 제도개선을 이끌어 냄으로써 한해 2천억원이 넘는 부당공제를 막아냈다. 이 사례는 최근 감사원 감사에서 모범사례로 선정됐다.

감사원이 22일 발표한 서울지방국세청 기관운영감사 보고서에 따르면, 마포세무서 부가가치세과(당시 조정원 과장)는 2013년 4월 음식점업체들이 농수산물 매입액을 실제 매입액보다 과다하게 신고하는 사례를 확인하는 기획분석을 실시했다.

음식점업의 매출액 대비 매출원가 비중이 37%(통계청 자료) 가량인 점에 착안, 마포서는 관내 음식점 중 연간 매출액이 1억원 이상인 208개 사업자를 대상으로 의제매입세액공제액 산출의 기초가 되는 매출액 대비 의제매입금액 비율을 분석했다.

분석 결과, 매출액 대비 의제매입금액 비율이 37%를 초과한 사업자가 193개로 92%에 달했고, 70% 이상인 사업자도 77개(37%)나 됐다. 많은 사업자들이 가공 매입자료 등을 이용해 부당하게 의제매입세액공제를 받은 혐의가 드러난 것이다.

마포서 부가가치세과는 자체 기획분석 과정에서 확인된 문제점을 해결하기 위해 2013년 5월 의제매입세액공제 대상금액에 한도(매출액 대비 30~40%)를 설정하도록 하는 내용으로 부가가치세 세액공제특례규정에 대한 개정 필요성을 기재부에 건의했다.

부당하게 의제매입세액공제를 받은 혐의가 짙어도 세무조사를 실시하지 않고는 가공 매입 여부를 밝히기 어렵고, 수많은 사업자를 대상으로 세무조사를 실시하기에는 많은 어려움이 따르게 돼 제도개선 건의를 하게 된 것이다.

마포서의 건의안은 기재부에서 채택돼 2013년 11월 입법예고 되기에 이르렀다. 농수산물 의제매입세액공제 한도액이 해당 과세기간에 면세농산물 등과 관련해 공급한 과세표준의 30%를 넘지 못하도록 공제한도를 설정한 내용이었다.

감사원은 법령 개정 이후인 2014년 의제매입세액공제액이 2조515억원으로 개정 전인 2013년의 2조2천519억원에 비해 2천4억원 감소함으로써 부당하게 세액공제를 받는 사례를 줄였다고 평가했다. 이 사례는 감사원장 표창 대상으로 선정됐다.

한편 당시 기획분석·제도개선을 주도했던 조정원 서울청 조사3국3과5팀장은 "부가세 사후검증 과정에서 기획분석을 하다가 의제매입세액공제제도에 대한 문제점을 느끼게 됐고, 한도를 설정하는 내용으로 개선방안을 건의했다"고 말했다.