2012년 1월부터 2015년 1월까지 대전지방국세청의 업무에 대한 감사원 감사결과, 국내원천 기타소득에 대한 세무조사 부적정, 정부출연기관의 기술료 수입에 대한 부가세 미과세 등의 지적사항이 나왔다.

반면, 법인세 사후검증업무 개선으로 인한 세원관리 효율성 제고방안의 경우 타 지방청에서 공유해야 할 검증기법으로 긍정적 평가를 받았다.

이번 감사는 지난해 1월26일부터 2월3일까지 실시된 가운데, 감사결과 세무조사 부적정 사례를 보면, 대전청은 2014년 3월 A법인에 대한 세무조사 과정에서 원천징수를 하지 않고 조사를 종결, 기타소득 35억5천여만원에 대한 법인세 7억1천만원을 부족징수한 것으로 나타났다.

감사원에 따르면, 외국법인에 대해 기타소득으로 처분된 국내원천소득은 국내사업장과 실질적으로 관련되지 않은 경우 그 지급액의 20%를 해당법인의 법인세로 원천징수해야 하지만, 대전청은 조치를 취하지 않고 조사를 종결했다.

이와 함께 정부출연기관의 기술료 수입 미과세 문제도 도마에 올랐다. 대전청은 관내 과학기술분야 정부출연기관의 기술료 수입에 대한 부가세 세원관리 업무를 수행하고 있다.

문제는 출연기관이 개발한 연구개발 성과를 제3자에게 이전하거나 사용할 수 있도록 권리를 부여해 그 대가로 기술료 수입을 받은 경우 이는 면세대상에 해당하지 않아 부가세를 과세해야 하지만 대전청은 부가세신고 누락을 묵인한 것으로 파악됐다.

그 결과 한국전자통신연구원 등 9개 기관이 기술이전 후 대가로 받은 과세대상 기술료 수입 1천623억원에 대해 부가세신고를 누락해, 감사원으로부터 부가세 과세방안을 마련하라는 시정조치가 내려졌다.

반면, 법인세 사후검증업무 개선으로 인한 세원관리 효율화는 모범사례로 선정됐다.

일반적으로 양도차익 과세이연에 대한 법인세 신고의 경우 별도 신청서식 없이 단순히 세무조정 사항으로 손금산입해 과세이연이 이뤄짐으로써 전산으로 과세이연 적용 법인을 직접적으로 추출하는 사후검증 체계가 마련되지 않았다.

이에 대전청은 전국 최초로 관내로 이전한 법인에 대해 법인세 소득금액조정합계표상 ‘토지’, ‘양도차익’. ‘과세이연’ 등으로 단어를 검색,  양도차익 손금산입한 것으로 추정되는 법인을 추출해 양도차익에 대한 최저한세 적용여부를 사후검증하는 기법을 발굴했다.

그 결과 최저한세 적용을 누락해 법인세를 과소신고한 2개 업체로부터 71억4천만원을 징수하는 성과를 거뒀다.

특히, 대전청은 이러한 사례를 공유할수 있도록 국세청에 보고해 타 지방청에 전파한 결과 대구청에서도 동일한 사례에 대해 법인세 45억9천200여만원을 추가징수 함으로써 세원관리를 강화하는데 기여한 것으로 평가됐다.