공공기관이 혁신도시로 이전하기 위해 본사 건물 등을 매각하는 경우 부동산 양도차익에 대한 법인세 과세는 어떻게 될까?

국세청은 이처럼 공공기관의 자산매각 등 부채감축 과정에서 발생하는 세무상 쟁점사항을 해결해 주기 위해 66개 공공기관과 MOU를 체결하고 세무상담서비스를 제공하기로 했다.

국세청에 따르면 위 질문의 경우 일정요건을 갖춘 공공기관이 본사를 혁신도시 등으로 이전하는 경우 본사 건물 등 부동산 양도차익에 대해 조특법에 따라 5년간 과세이연을 적용받을 수 있다.

양도차익은 양도시 과세하지 않고 양도일 이후 5년이 되는 사업연도부터 5개 사업연도 기간 동안 균분한 금액 이상을 분할 과세하는 것이다.

그렇지만 법인세 과세여부와 별개로 과세사업에 사용하던 건물을 양도하는 경우는 부가가치세가 과세된다.

또한 최근 들어 공공기관의 해외자원 개발사업 참여가 많은데, 지분을 투자했다가 손실이 발생한 경우 손금은 어떻게 처리해야 할까?

예를 들어 공공기관이 자원개발사업의 일환으로 해외 해상광구사업에 지분을 투자해 참여했는데, 유망성이 부족함에도 계속 지분비율 만큼 비용을 부담해야 할 상황에 처해 결국 사업에서 탈퇴한 경우 손금처리를 어떻게 하느냐는 것이다.

국세청에 따르면, 해외자원개발사업 지분탈퇴는 지분을 자원개발사업 운영사에 넘긴 양도에 해당한다.

따라서 자원개발투자 공공기관이 지분탈퇴에 따른 제반비용을 정산하고, 투자자로서의 권리와 의무가 모두 소멸됐다면 정산일이 속하는 사업연도에 손금 산입할 수 있는 것이다.

공공기관이 보유 중인 타법인 주식의 일부를 특수관계가 없는 법인이나 개인에게 양도하는 경우 세무처리 방법도 빈번한 세무쟁점이다.

국세청은 이 경우 주식의 양도금액은 익금에 해당하고, 당해 주식의 양도 당시 장부가액은 손금에 해당하는 것으로 결국은 차액에 대해 법인세가 과세된다고 밝혔다.

다만 정당한 사유없이 정상가액보다 높거나 낮은 가액으로 거래하는 경우에는 정상가액과 실제 거래가액과의 차액에 대해 기부금으로 보거나 증여세가 과세될 수 있다고 덧붙였다.

물론 이 경우 주식 양도가액의 0.5%를 증권거래세로 별도 납부해야 한다.

국세청은 이처럼 공공기관의 세무상 쟁점사항을 각 지방청에 설치한 공공기관 세정지원팀을 통해 상담해 줄 방침이다.