서울고등법원(제1행정부)이 지난달 31일 판결한 '신축주택 양도세' 소송 사건은 크게 세 가지 내용을 담고 있다.

▶구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득은 감면대상이 아니며 ▶일부 납세자에게 부과된 양도세 전액을 면제해 준 것은 비과세 관행이 아니며 ▶신축주택을 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산함에 있어 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용한 것은 위법하다는 것이다.

재판부는 판결문에서 "법 제99조의3 제1항 전문은 구주택을 취득해 재건축.재개발로 분양받은 신축주택을 양도할 경우에 발생하는 전체 양도소득 중 구주택의 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대해서까지 양도세를 면제하는 것으로 해석할 수는 없다"고 밝혔다.

자기가 건설한 신축주택의 경우 신축주택을 취득한 후 5년 이내에 양도하든 5년 경과 후에 양도하든 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 발행한 양도소득에 대해 양도세를 감면해 주겠다는 것으로 해석해야 한다는 것이다.

따라서 재판부는 "신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하기만 하면 구주택의 취득시기 또는 취득가격을 불문하고 모든 양도소득세를 면제하는 것으로 확장 또는 유추 해석하는 것은 부당하고, 당해 신축주택의 취득일로부터 양도일까지 발생한 양도소득에 대해서만 양도소득세를 면제하는 것으로 엄격하게 해석해야 한다"고 판시했다.

재판부는 또한 비과세 관행과 관련해서는 "과세관청이 납세자에 부과된 양도소득세 전액을 면제한 적이 일부 있었다 하더라도, 그러한 사정만으로는 상당한 기간에 걸쳐 과세관청이 구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득에 대해 양도소득세를 전액 감면해 오면서 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않겠다는 공적 견해나 의사를 표시했다고 보기는 어렵다"고 밝혔다.

재판부는 계산식 준용과 관련해서도 "신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 감면되는 세액을 계산함에 있어 시행령 제40조 제1항의 계산식을 준용할 아무런 법령상 근거가 없는 것으로 보인다"고 판시했다.

재판부는 이와 관련 "과세관청과 같이 계산할 경우, 원고가 보유했던 구주택과 재건축 후 취득한 신축주택이 마치 동일한 주택으로 취급돼 두 부동산의 기준시가를 단순비교하는 오류를 범하게 된다"면서 "분모의 취득당시 기준시가에 구주택 취득 당시 기준시가를 대입할 경우, 신축주택을 취득하기 위해 납부한 조합원 분담금을 분모에서 공제되지 않게 해 결과적으로 감면되는 양도소득금액이 과소 산정돼 부당하다"고 덧붙였다.