전국 지방자치단체에서 운영중인 공영차고지 등 수익시설 부동산과 음식·숙박·운동시설 등에 대해서도 부가가치세가 부과된 이후 국세청을 상대로 환급경정청구가 끊이지 않고 있다.

정부는 07년 부가세법 시행령 제38조(국가지방자치단체 또는 지자체 조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위)를 개정·시행하면서, 지자체가 운영하는 부동산업·도소매업 가운데 민간기업과의 경쟁관계에 있는 경우에는 민간기업과 동일하게 부가세를 부과토록 규정했다.

중앙정부기관과 달리 지자체에서의 수익사업이 민간기업의 영리사업과 별반 다르지 않는 등 형평성 차원에서다.

부가세법에서는 또한, 이들 시설물 및 도소매업에 투입된 공사비용과 재료 매입비 등은 사업자에게 다시금 환급토록 규정하고 있어, 전국 지자체들은 국세청에 납부한 부가세액 가운데 해당 금액만큼을 되돌려 받기 위한 다양한 강구책에 나서고 있는 것.

실제로 경기도 연천군이 전국 지자체 가운데서는 최초로 지난해 국세청을 상대로 경정청구를 통해 시가 납부한 부가세액 가운데 19억원 상당을 되돌려 받았으며, 연천군은 이같은 사례를 전국 지자체에 확대·전파하는 등 세금환급을 독려한 것으로 알려졌다.

문제는 지자체에서 이들 시설물에 투입한 공사비 및 재료 매입비 등이 3년이 지났을 경우로, 국세기본법 제45조의 2에서는 납세자의 환급청구 권리기한을 3년으로 규정한 탓에 국세청에서도 해당 기간을 경과한 환급청구에 대해서는 수용하기 힘들다.

지자체를 막론하고, 세금을 납부하는 납세자의 입장이라면 다소 억울(?)한 일이다.

그러나, 이 또한 예외적으로 고충민원을 청구해 받아들여질 경우에는 경정청구 기한을 넘겼더라도 국세청으로부터 세금을 돌려 받을 수 있다.

실제로 최근 수원시가 국세청에서 거절당한 환급청구를 국민권익위원회에 고충민원을 신청해 세액모두를 되돌려 받은 일이 발생했다.

수원시는 그간 부가세를 납부해 온 공영차고지, 수원화성사랑채, 시민회관, 장안구민회관, 만석테니스장 등 16개 시설물에 대한 환급을 지난 6월 청구했으나, 청구시점에서 3년이 지난 환급대상액은 수용할 수 없다는 국세청의 답변을 받자, 그 즉시  권익위에 고충민원을 신청했다.

권익위는 고충민원에 대한 심사를 통해 국세청에 시정을 권고했으며, 국세청 또한 고충처리를 통한 시정권고를 받아들여 총 30억원에 달하는 부가세를 환급해줬다.

이와관련, 국세청 관계자는 “전개과정으로 보면 기한에 상관없이 국세청이 환급해줘야 한다고 볼 수 있지만, 현행 세법상으로는 여전히 경정청구기한 3년이 경과하면 환급은 불가능하다”며, “국세청 직원 누구라도 세법에서 일탈된 업무처리에 나설 수 없다”고 강조했다.

이 관계자는 “다만, 고충청구를 통해 인용된 경우에는 국세청에서도 납세자의 권익을 위해 적극적으로 수용하고 있다”며, “이 또한 국세기본법에서 규정한 것으로, 절세 또한 결국 납세자가 스스로의 권리임을 잊지 말아야 한다”고 덧붙였다.