박재완 기획재정부장관은 '종교인 과세' 문제와 관련, "상당한 적응 준비기간이 필요하다"며 사실상 현 정부에서는 과세문제를 거론하지 않겠다는 입장을 보였다.

박 장관은 2012년 세법개정안과 관련 브리핑을 통해 "현행 소득세법상 종교인을 불문하고 소득이 있는 곳에 납세의무가 따른다는 데에는 이론의 여지가 없는 것 같다"며 "그러나 현실적으로 오랫동안 과세가 되지 않았다는 점을 감안하지 않을 수 없고 그로 인해 비과세 대상이라는 인식이 널리 퍼져 있다"고 말했다.

이어 "이를 바로잡기 위해서는 상당한 적응준비기간이 필요하다는 점, 그리고 최근 종교계에서 자진납세 결의를 하는 등의 추이, 종교활동의 특수성 등을 감안해 보면 과세기술상 몇 가지 천착해야 할 부분이 있다"고 밝혔다.

구체적인 실행방안과 관련, 박 장관은 "소득세법은 고치지 않아도 될 것 같고, 고친다 해도 시행령을 고쳐야 될 것 같은데 시행령은 법이 고쳐진 뒤에 개정하는 것이 순서이기 때문에 종교계와 좀더 협의를 해 대통령령으로 기술적으로 규정할 것인지를 두고 연구를 하겠다"고 설명했다.

소득세 과세구간과 세율체계의 전면적 개편이 이뤄지지 않은 것과 관련, 박 장관은 "세수의 중립성을 유지하면서 근본적인 개편안을 마련하려면, 비과세·감면제도의 대폭 축소 또는 정비가 불가피 하다"며 "소득세제에 따라 각각 소득세를 부담하고 있는 다양한 각계각층의 기대와 요구를 감안해 볼 때 근원적인 개편에는 상당한 숙성노력이 필요하다"고 언급했다.

박 장관은 또 1조 6,600억원의 세수효과에 대해 "2013년에 모두 발생하는 것이 아니고 향후 5년간에 걸쳐 발생하는 효과로, 경제를 활성화 시키면서 재정건전성을 유지하기 위해 두 마리 토끼를 다 노린 포석의 결과"라고 설명했다.