기업의 연구개발비용(R&D)에 대한 합리적인 세액공제를 위해 현행 R&D비용 증가분 방식의 적용기준 연도를 직전 4년평균에서 직전연도로 조정된다.

다만, 조세회피를 방지하기 위해 직전연도 R&D비용이 직전 4년R&D비용 연평균ㅂ 돠 적은 경우에는 증가분방식이 배제된다.

정부는 8일 2012년 세법개정안 발표를 통해 재정건정성을 제고하기 위한 비과세·감면제도 정비방안을 밝혔다.

개정안에 따르면, 현행 비과세 및 감면 등 조세지출의 합리적 운영을 위해 각 부처별 성과관리제도를 도입하고 이를 재정지출과 연계하는 방안을 강화키로 햇다.

조세감면을 받더라도 최소한 납부해야 할 세액을 칭하는 최저한세와 관련해 대기업의 부담을 늘릴 예정으로, 대기업의 과도한 조세감면을 방지하기 위해 과표 1천억원 초과 기업에 대한 최저한세율을 현행 14%에서 15%로 상향조정키로 했다.

각종 금융소득에 대한 비과세·감면제도 정비에도 착수해, 장기주택마련저축에 대한 소득공제 및 비과세 적용을 종료하고, 조합 등 출자금 배당소득에 대한 비과세 등도 종료한다.

이와함께 조합 등 예탁급 이자소득에 대해서는 현행 규정대로 오는 2013년부터 저율 분리과세에 착수해, 농협·수협·산림조합·신협·새마을금고예탁금을 대상으로 1인당 3천만원 한도의 이자소득은 분리과세한다.

이에따라 이들 이자소득은 올 연말까지만 비과세되며, 내년에는 5% 분리과세, 오는 2013년에는 9% 분리과세된다.

채권에 대한 과세제도 정비 또한 착수된다.

정부는 10년 이상 장기채권 이자소득에 대한 분리과세 개선을 통해 3년 이상 보유한 후 발생하는 이자소득에 대해서만 30% 분리관세를 허용키로 했다.

물가연동국채에 대한 이자소득 계산도 변경돼, 물가연동에 따른 원금증가분도 사실상 이자에 해당한다고 보아 채권과세의 실효성 제고를 위해 원금증가분도 과세에 포함하되 오는 2015년부터 시행키로 했다.

장기저축성보험에 대한 보험차익 발생시 비과세해 온 제도도 개선해, 장기저축성보험 납입보험료 등을 중도에 인출할 경우 비과세에 배제되며, 다만 55세 이상으로서 보험차익 등을 종신형 연금방식으로 수령하는 경우에는 이자소득이 아닌 연금소득으로 과세키로 했다.

특히 증여를 통한 보험차익 과세회피를 방지하기 위해 보험계약자 명의 변경시 명의자별로 계약기간을 계산해 10년 이상일 경우에만 이를 인정키로 했다.

신용카드 등 소득공제 공제율도 조정돼, 신용카드 공제율을 현행 20%에서 15%로 축소하는 반면, 현금영수증은 직불형카드와 같이 현행 20%에서 30%로 확대키로 했다.

장마저축 소득공제·비과세 혜택 종료
신용카드 공제 15%로 인하 현금영수증 30%로 인상

이와달리, 신용카드 매출사업에 대한 부가세 세액공제는 확대해, 영세개인사업자의 우대공제율을 오는 2014년까지 연장하되, 신용카드 사용이 생활화된 점 등을 감안해 현행 700만원인 세액공제 우대한도 적용을 종료키로 했다.

이와함께 채권추심 대행용역 수수료에 대한 부가세 면제 적용도 종료된다.

8년자경 농지 감면신청과 관련해선, 감면신청자가 출국 후 2년을 경과한 비거주자에 대해서는 감면신청이 배제된다.

정부는 8년자경 요건을 갖춘 비거주가 출국 후 2년을 경과한 경우에는 양도세 감면특례에서 배제키로 했으며, 다만, 출국일로부터 2년이내 양도하는 경우에는 감면을 허용키로 했다.

외국인 근로자에 대한 과세특례 적용기한 및 세율이 조정된다.

정부는 외국 우수인력 유치 및 외국인투자 활성화를 위해 외국인근로자에 대한 소득세 단일세율 특례 적용기한을 오는 2014년까지 연장키로 했다.

다만, 국내근로자와 특례대상 외국인근로자 간의 과세형평성을 고려해 특례세율을 현행 15%에서 17%로 조정한다.

완제품보다 중간재의 관세율이 높은 문제를 해소하기 위해 항공기·반도체 제조용 장비의 부분품 및 원재료 등을 대상으로 적용중인 관세감면 제도도 단계적으로 정비된다.

정부는 FTA 확대 등으로 관세감면 실효성이 감소된 점을 반영하되, 국내기업의 충격 완화 등을 고려해 세율불균형 물품에 대한 감면을 오는 2013년 80%에서 14년 50%, 15년 30%, 2016년에는 완전히 폐지키로 했다.