군함, 군용기 등의 특수선박이 수출신고수리물품 등 상업화물을 운송하는 경우에도 일반무역선(기)과 동일한 관세법령을 적용받게 된다.

관세청 및 서울본부세관에 따르면 특수선박이 상업화물을 운송하면서도 특수선박의 지위를 이용, 관세법에 규정된 외국무역선(기)의 의무를 이행하지 않은 경우에는 적재된 물품의 선적도 인정될 수 없게 된다.

이에따라 특수선박이라도 상업화물을 운송할 경우에는 일반무역선과 같이 적하목록을 제출해야 한다.

현행 관세법 제56조, 같은법시행령 제46조에 규정된 특수선박(군함, 군용기와 국가원수 또는 정부를 대표하는 외교사절이 전용하는 선박 및 항공기)은 국제협약에 의해 외국무역선(기)에 적용하는 입·출항수속 등이 면제된다.

그러나 부득이한 사유로 수출신고가 수리된 물품(상업화물)을 특수선박에 선(기)적해야 하는 경우에는 일반 외국무역선(기)에 준용하고 선(기)장 또는 대리인은 적하목록 제출 등 관세법에 규정된 외국무역선(기)의 의무를 이행해야 한다.