국세청이 매년 법인사업자 정기 세무조사 제외대상자를 선정하면서 단위농협 등 290개 조합법인을 특별한 이유도 없이 세무조사 대상에서 제외해 정기적으로 세무조사를 하는 공익법인과 비교해서 공정성이 저해되는 결과를 초래했다 지적이 나왔다.

감사원은 이같은 내용을 골자로 하는 국세청·기획재정부·조세심판원 등 3개 기관을 대상으로 '세정 신뢰도 개선실태' 감사를 실시한 결과를 22일 발표했다.

감사원에 따르면, 단위농협 등 조합법인의 경우 분식회계를 통한 비자금 조성, 횡령 등 회계비리가 빈번하고, 세무조사의 사각지대에 있는 실정인데도 특별한 사유 없이 10년 이상 세무조사 대상에서 제외했다.

또한 개인사업자 정기조사 대상 선정을 위해 무작위 추출방식을 적용해 조사대상을 선정하면서 모집단에는 모든 업종 및 사업자를 포함시키는 것이 바람직한데도, '2008년 선정지침'에는 무작위 추출 모집단을 '부동산 임대업자'로 국한하고 그 중에서도 신고성실도가 상위인 자(49%)만을 대상으로 선정하도록 함으로써 오히려 성실납세자를 역차별하고 있다고 감사원은 지적했다.

더욱이 2009년('07년 귀속) 조사대상 선정기준을 정하면서 성실 사업자 여부에 대한 검토 없이 종전 관행대로 간편장부 규모 사업자 319만 명(전체 간편장부 규모 개인사업자의 82%) 전부를 조사대상에서 제외함으로써 세무조사의 사각 발생하기도 했다.

'국세기본법'에 따르면 수입금액이 간편장부 규모 이하이면서 복식기장 등을 하는 성실사업자인 경우에만 세무조사에서 제외할 수 있도록 되어 있다.

간편장부란 영세사업자에게 세금 혜택을 주기 위하여 국세청이 권장하는 장부로 수입, 지출에 관한 사항을 거래일자 순서로 간단히 작성하는 장부를 말한다.

감사원은 이에 "국세청장은 조합법인이 세무조사 대상에서 장기간 제외되는 일이 없도록 선정지침에 반영하는 방안을 마련하라"라며 "무작위 추출방식을 잘못 적용하는 일이 없도록 하고, 간편장부 규모 사업자 중 불성실사업자는 조사대상에 포함하는 방안을 마련하라"고 통보했다.