적용이 잘못된 세금이라도 경정청구기한내 경정청구를 했다면 처분청은 이를 거부해서는 안된다는 취지의 결정이 나왔다.

감사원은 최근 A씨가 "기준시가를 적용해 세액을 납부해야 하는데도 실지거래가액으로 잘못 적용해 세액을 납부한 후 경정청구기한 내 경정청구를 한 것을 처분청이 거부한 거부처분한 것은 부당하다"며 낸 청구에 대해 "처분청은 경정청구거부처분을 취소하라"는 결정을 내렸다.

감사원에 따르면 A씨는 지난 2006년12월15일 B공사에 토지를 2억6천157만7천140원에 협의매도하고, 3일 후 소유권이전등기를 경료한 뒤 2007년5월31일 실제로 거래한 가액(실지거래가액)을 기준으로 양도소득세 5천198만2천545원을 확정신고했다.

이후 A씨는 2009년5월21일, 양도소득세 확정신고상의 세액을 기준시가에 의해 산정된 세액으로 경정해 줄 것을 청구했다.

처분청은 그러나, 소득세법 규정에 의거해 확정신고기한까지 실지거래가액으로 신고한 경우에 해당해 양도가액을 기준시가로 적용할 수 없다는 사유로 청구를 거부했다.

소득세법 제96조 제2항 제6호 규정에 따르면, 양도자가 양도 당시 및 취득 당시의 실지거래가액을 증빙서류를 갖춰 양도당시의 실지거래가액을 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 실지거래가액을 양도가액으로 신고해야 한다.

감사원은 이에 대해 "소득세법에는 실지거래가액으로 신고한 이후에는 경정청구를 할 수 없다고 규정하고 있지만, 이는 납세의무자가 기준시가에 의한 양도차익의 산정으로 실지거래가액에 의한 경우보다 불이익을 받지 않도록 보완하기 위한 것"이라며 "이번 사건은 납세의무자가 실지거래가액으로 신고하는 경우가 기준시가에 의하는 경우보다 불리함에도 불구하고 기준시가로 신고할 수 있음을 알지 못한 채 신고했다가 추후 이를 알고 적법한 기간내에 경정청구를 했으므로, 단지 실지거래가액으로 신고했다는 것을 이유로 기준시가에 의해 양도차익을 산정할 수 없다고 할 수는 없다"라고 거부처분 취소결정을 내렸다.