'조세특례제한법' 개정 등으로 감면세액이 증가한 경우에는 당초 토지의 양도차익 예정신고납부세액공제액에서 증액된 감면세액을 적용해 재계산한 금액만 공제한 후 환급해야 한다는 결정이 나왔다.

감사원은 최근 A씨가 "토지의 양도차익 예정신고납부세액공제액을 공제받은 후 '조특법' 개정 등에 의해 감면세액이 증액됐다 하더라도 당초 신고한 예정신고납부세액공제액을 전액 그대로 인정해야 하는데도, 그 중 증액된 감면세액을 적용해 재계산한 금액만 공제하고 나머지는 불공제한 것은 부당하다"며 낸 심사청구를 기각했다.

감사원에 따르면 A씨는 지난 2008년 1월25일 13억9천819만5천290원에 토지를 매각하고, 같은해 3월31일 자산약도차익 예정신고시 산출세액(3억1천938만5천662원)에서 감면세액(3천193만8천566원)과 예정신고납부세액공제액(2천874만4천709원)을 차감한 2억5천870만2천387원을 신고하고 자진 납부했다.

이후 '조특법' 개정으로 감면세액이 증액(경정청구시 1억원에서 2억원으로)됨에 따라 산출세액에서 공제해야 할 예정신고납부세액공제액으로 2천874만4천709원을 전액 그대로 인정해 1억원을 환급해 달라며 지난 2009년 1월20일 재경정청구를 했다.

처분청은 그러나, 지난 2009년 2월27일 예정신고납부세액공제액을 당초 예정신고납부시 금액 2천874만4천709원을 전액 그대로 인정하게 되면 미납부세액에 대한 환급이 발생하게 되므로, 당초 신고한 예정신고납부세액공제액 중 증액된 감면세액을 적용해 재계산한 1천193만8천566원을 공제하고 나머지 1천680만6천143원을 불공제해 8천3193천850원을 환급했다.

A씨는 이에 환급처분을 경정하게 해 달라며 감사원에 심사청구를 제기하게 됐다.

감사원은 이 사건에 대해 ""A씨의 경우 산출세액(3억1천938만5천662원)에서 8년 자경농지 양도로 '조특법' 규정에 따른 감면세액(2억원)을 차감하면 납부할 세액은 1억1천938만5천662원이 된다"라며 "납부할 세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 1천193만8천566원이 예정신고 납부세액공제액이 된다"라고 밝혔다.

이어 "당초 예정신고납부세액공제액 2천874만4천709원 중 1천193만8천566원을 차감한 1천680만6천143원을 불공제해 환급하는 것이 정당하다"라며 처분청의 손을 들어줬다.