규정이 신설되기 이전 사건에 대해 신설규정을 이행하지 않았다는 사유만으로 신고불성실 가산세를 부과하는 것은 잘못된 처분이라는 취지의 감사원 심사결정이 나왔다.

감사원은 23일 영세율 과세표준 신고불성실 가산세에 대한 경정거부처분은 부당하다며 A씨가 제기한 심사청구를 일부 인용했다.

감사원에 따르면 A씨는 지난 2004년 제2기부터 2008년 제2기까지 부가가치세 과세표준세액을 신고·납부하면서, A씨는 B씨에 직접 공급한 도시철도 건설용역 공급분은 영세율이 적용되는데도 영세율이 아닌 10%의 부가세 세율을 적용했다.

A씨는 이에 지난해 12월30일, 도시철도건설용역 공급분에 대해 영세율을 적용해 경정해 달라는 취지로 경정청구를 했다.

처분청은 그러나, 지난 1월22일 도시철도건설용역 공급분에 대해 영세율을 적용해 부가세의 세액을 경정했으나, 같은해 4월 구 '조세특례제한법 시행령'에 규정된 영세율 관련 첨부서류를 제출하지 않았다는 사유로 영세율 과세표준 신고불성실 가산세를 부과했다.

A씨는 이에 대해 지난 5월 가산세 부과는 법률상의 근거가 없다는 이유로 취소를 구하는 경정청구를 했으나, 처분청은 이를 거부했다.

감사원은 이 사건에 대해 "'부가가치세법' 상 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하면서 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우에는 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과할 수 있으나, '조세특례제한법' 상 영세율이 적용되는 과세표준을 신고하면서 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우에는 영세율 과세표준 신고불성실가산세를 부과할 수 있는 법적 근거가 없다"며 "이 사건은 '부가가치세법'규정에 의해 영세율을 적용받는 거래가 아닌 구 '조세특례제한법' 규정에 의해 영세율을 적용받는 거래다"라고 밝혔다.

또 지난해 2월부터 '부가가치세법 시행령' 규정이 개정돼 조세특례제한법에 의한 영세율 거래에 대해서도 영세율 첨부서류를 제출하지 않은 경우 가산세를 부과할 수 있는 근거 규정이 신설됐다고 지적했다.

감사원은 이에 "영세율 적용을 받는 거래임을 전제로 한 처분청의 가산세 부과처분 중 경정청구기한이 경과된 뒤 접수된 2004년 1기확정분, 2005년도 1·2기 확정분을 제외한 2006년1기부터 '부가가치세법 시행령' 규정이 개정되기 이전인 지난해 2월까지의 공급분에 대해서는 가산세 부과는 위법하다고 봐야 한다"고 결정했다.