'조세특례제한법' 개정 등으로 감면세액이 증가했더라도 당초 예정신고납부세액공제액(아래 예신공제액) 중 증액된 감면세액을 적용해 재계산한 금액만 공제해 환급해야 한다는 취지의 심사결정이 나왔다.

감사원은 최근 A씨가 "토지의 양도차익 예정신고납부공제액을 공제받은 후 '조특법' 개정 등에 의해 감면세액이 증액됐다하더라도 당초 신고한 예정신고납부공제액을 전액 그대로 인정해야 하는데도 그 중 증액된 감면세액을 적용해 계산한 금액만 공제하고 나머지는 불공제한 것은 부당하다"며 제기한 심사청구를 기각했다고 밝혔다.

감사원에 따르면 A씨는 지난해 1월 토지를 13억9천819만5천290원에 매각하고, 같은해 3월 자산양도차익 예정신고시 산출세액(3억1천938만5천662원)에서 감면세액(3천193만8천566원)과 예정신고납부세액공제액(2천874만4천709원)을 차감한 금액(2억5천870만2천387원)을 신고한 후 자진 납부했다.

이후 '조특법' 개정으로 경정청구시 1억원에서 2억원으로 감면세액이 증액됨에 따라 산출세액에서 공제해야 할 예정신고납부세액공제액으로 2천874만4천709원 전액을 그대로 인정해 1억원을 환급해 달라고 지난 1월 재경정청구했다.

처분청은 이에 대해 지난 2월 예정신고납부세액공제액을 당초 예정신고납부시 금액 2천874만4천709원 전액을 그대로 인정하게 된다면 미납부세액에 대한 환급이 발생된다며, 신고한 예정신고납부세액공제액 중 증액된 감면세액을 적용 재계산한 1천193만8천566원을 공제하고 1천680만6천143원을 불공제해 8천319만3천850원을 환급했다.

A씨는 그러나, 당초 신고한 예정신고납부공제액을 전액 그대로 인정해야 한다며 증액된 감면세액을 적용해 계산한 금액만 공제하고 나머지는 불공제한 것은 부당하다고 주장했다.

감사원은 이와 관련 "A씨의 경우 산출세액 3억1천938만5천662원에서 8년 자경농지 양도로 '조특법' 규정에 따른 감면세액 2억원을 차감하면 '납부할 세액'은 1억1천938만5천662원이 된다"라며 "납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 1천193만8천566원이 예정신고납부세액공제액이 돼 당초 예정신고납부세액공제액 2천874만4천709원 중 1천193만8천566원을 차감한 1천680만6천143원을 불공제해 환급하는 것이 정당하다"라고 처분청의 손을 들어줬다.