감사원의 추가 징수 결정에 따라 서대전세무서로부터 부가가치세 1천45억원의 세금고지서를 받은 한국철도공사는 1일 "행정처분인 만큼 이를 따르겠다"는 입장을 표명했다.

감사원은 앞서 지난달 31일 '2008 회계연도 감사활동의 성과 및 결산검사 결과'를 발표, 서대전세무서가 철도공사의 전체 사업장을 면세사업장으로 잘못 산정해 부가세 1천45억원을 부족하게 징수한 것을 적발해 추가 징수할 것을 요구했다고 밝혔다.

감사원과 철도공사간 부가세 1천45억원을 두고 마찰을 빚은 이유는 '부가가치세법' 시행령 제61조 5항에 예외적으로 '한국철도공사법'에 의한 '한국철도공사는 전체 사업장의 총공급가액에서 전체 사업장의 면세공급가액이 차지하는 비율을 곱해 계산할 수 있다'는 예외규정 때문이다.

철도공사는 740여개의 사업장이 전국에 산재돼 있고 사업장별로 영위하는 과세사업과 면세사업의 범위가 다양해 사업장별로 공통매입세액을 안분계산하기 어려운 점이 감안된 것.

철도공사는 이에 따라 일률적으로 전체 사업장을 대상으로 모든 면세사업과 과세사업의 총공급가액에서 모든 면세사업의 수입금액이 차비하는 비율로 면세 사업과 관련된 매입세액 비율을 계산해 과세기간별 32.16%에서 45.14%의 단일률을 구한 후 이를 공통매입세액에 곱해 산정했다.

감사원은 그러나 철도공사가 매입한 주요재화와 용역이 사용되는 사업부문 및 면세·과세 여부는 ▲경유 및 기관차 구입비는 면세사업인 일반철도 여객 운송과 과세사업인 화물운송에만 공통으로 사용되고 ▲일반철도 선로 등 사용료는 면세사업인 일반철도 여객운송, 광역전철운송, 면세구간 고속철도 여객운송과 과세사업인 화물운송, 고속철도 여객운송 과세분 중 일반철도선로 운행구간에만 공통으로 사용되고 ▲고속열차차량 매입비는 고속철도 여객 운송사업 과세구간 및 면세구간에 공통으로 사용되는 등 관련 사업부문이 명확히 구분된다고 지적했다.

감사원은 이어 철도공사가 단일률로 계산한 결과 지난 2005년 제1기분부터 2008년 제2기분까지 부가세 매입세액 784억340만5천896원원 상당을 과다 공제해 신고·납부했으며 이를 지난 2월 24일 현재까지 그대로 두어 신고납부불성실가산세 포함 1천45억8천845만3천566원을 부족 징수하게 됐다며 서대전세무서장에게 추가 징수결정토록 시정요구를 했다고 밝혔다.  

철도공사 관계자는 이에 대해 "특례조항에 따라 납부했을 뿐 탈세 의도는 조금도 없었다"며 "우선 공기업인 만큼 처분에 따라 세금을 납부할 계획"이라고 밝혔다.

이 관계자는 그러나 "일단 납부는 하겠지만 구체적인 사항은 차후에 결정하겠다"고 밝혀 행정소송도 할 수 있음을 시사했다.