지방국세청과 세무서가 업종분류를 잘못하거나 면세분 매입세액을 과다공제하는 등으로 법인세나 부가가치세 등 국세를 부족하게 징수한 사실이 감사원 감사에서 드러났다.

감사원은 지난 2월 2007년 1월1일부터 지난해 12월 31일 사이에 국세청 및 국세청 산하 기관이 처리한 업무를 감사범위로 설정하고, 확인이 필요한 일선 세무서의 국세부과·징수 업무를 점검한 결과 이 같이 나타났다고 지난달 31일 밝혔다.

감사원이 발표한 감사결과에 따르면 대전지방국세청은 본사를 지방으로 이전하더라도 '소비성서비스업'인 온라인 복권 발행업을 영위하므로 법인세 감면대상이 될 수 없는 A사의 업종분류를 '사업서비스업'(기타정보처리 및 컴퓨터 운영관련업)으로 잘못 분류했다.

구 '조세특려제한법' 제62조의2 제1항에는 법인이 수도 외 지역으로 본사를 이전할 때 소비성서비스업이 아니어야 법인세를 감면해 줄 수 있도록 규정하고 있다.

대전청은 그러나 A사가 본사를 지방으로 이전하고 법인세 437억여원(‘04~’07년 사업연도)을 감면신청하자 이를 인정해 법인세 549억여원을 부족하게 징수했다.

감사원은 또 서대전세무서가 한국철도공사가 과다하게 공제신고했는데도 이를 인정해 1천45억여원을 부족하게 징수했다고 지적했다.

부가가치세법 시행령 제61조 등은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 '면세사업에 관련된 매입세액'은 사업에 투입된 재화와 용역이 실지귀속되는 사업을 구분해 산정하도록 규정하고 있다.

서대전서는 하지만 철도공사가 실지 귀속되는 사업 구분 없이 일률적으로 전체 사업장을  지난 2005년 제1기부터 지난해 제2기까지의 부가세 매입세액 총 784억여원을 과다공제해 신고했는데도 이를 인정해 부가세 1천45억여원(가산세 포함)을 부족하게 징수했다.

이와 함께 감사원 서초세무서 등 89개 세무서는 징수·증여로 취득한 재산의 양도착익 산정을 위한 취득가액을 '상속세 및 증여세법'에 따른 시가 또는 개별공시지가가 아닌 '환산가액'으로 신고한 441명(‘04년1월~’08년7월)의 취득가액을 그대로 인정해 양도소득세 56억여원을 부족하게 징수했다고 밝혔다.

한편 감사원은 이 같은 결과를 지난달 29일 국회에 제출하고, 대전청장에게는 549억여원(가산세 포함)을 추가 징수결정을 하도록 했으며, 서대전서장에게는 부가세 1천45억여원(가산세 포함), 서초서장 등에게는 양도소득세 56억여원을 추가 징수토록 시정요구했다.