민원인 A법인은 2008년 10월 20일 49%의 지분을 소유하고있던 M법인의 지분 50%를 추가로 취득해 M법인의 과점주주가 되었고, 이에 따라 서울시 강남구 소재 부동산에 대해 과점주주의 취득세 22억원과 농어촌특별세 2억2천만원 등 24억 2천만원을 11월 18일 신고 후 19일 납부했다.

하지만 이후 A법인은 건설자금이자와 관련한 한국회계기준원 질의회신(KQA05-007)을 인용, '용지의 취득 후 공사 착공 전까지의 건설자금이자를 계상한 경우 자본화된 건설자금이자의 회계처리는 선급공사원가로 인식한다'고 회신하고 있음을 근거로 M법인은 용지의 취득 후 발생한 건설자금이자를 자본화하고 있으므로 자본화된 건설자금이자는 향후 취득한 건물로 계상하는 것이 타당하다고 주장했다.

또한 법인이 주식 또는 지분을 주주 또는 사원으로부터 취득함으로써 과점주주가 된 경우, 과점주주는 해당 법인의 부동산 등을 취득한 것으로 보아 취득세 납세의무를 지게 되나, 과점주주가 된 때에도 지방세법 시행령 제 73조의 규정에 의해 취득시기가 도래하지 않은 건축물에 대해서는 납세의무를 지지 않으므로 과점주주가 된 때 납부하는 취득세의 과세표준에는 취득시기가 완료된 토지만 포함되며, 건축 중인 건물과 관련된 건설자금이자는 과세표준에서 제외하는 것이 타당하다고 덧붙였다.

이에 대해 처분청은 A법인은 법인지분을 인수한 후 과점주주의 납세의무가 성립된 날인 2008년 10월 20일 건설자금이자에 대해 토지계정으로 처리해 신고 납부 한 후 추후 토지계정으로 회계처리된 부분이 회계처리 오류이고 건설자금이자 66억4천만원을 선급금으로 수정처리 되었으므로 기존에 신고한 과점주주 취득세 과세표준에서 건설자금이자 66억4천만원은 토지취득 과표에서 제외되어야 한다고 주장하나, 이와 유사한 사례로 구(舊)행정자치부 예규 행심2006-222가 처분청의 타당성을 증명하고 있으므로 이 건에 이의신청은 기각함이 타당하다고 주장했다.

이에 대해 지난 4월 28일 열린 서울시 공개세무법정의 심의위원들은 이 건은 토지취득 이후에 발생한 이자비용인 건설자금이자를 취득세 과세표준에 적용하는 것이 적정한지의 여부가 쟁점사항이라고 보았다.

공개세무법정은 이에 대해 구(舊)행자부 세정13407-279에 따르면 과점주주에 대한 취득세과세표준 계산시 법인자산가액의 평가는 납세의무성립일 현재의 장부가액으로 판단함이 타당하다고 명시하고 있고, ▶건설자금이자의 발생요인이 토지 매입에 따른 이자 발생인 점▶잔금지급 이전의 이자는 토지계정으로 처리되어 토지 가액에 산입된 점▶ 과점주주 취득시점에는 토지로 계정처리 되었다가 사후에 선급금으로 처리되었다 하나 최득당시 토지 장부가액에 산입되어 정상적으로 신고 납부한 부분을 종합적으로 고려할 때 청구법인의 주장은 이유가 없다고 판단, 처분청의 손을 들어주었다.