지방 재정이 어려운 낙후지역에 지원해야 할 종합부동산세 세수가 교부에 형평성을 상실하고 있다는 지적이 제기됐다.

또한 종합부동산 교부세가 지방에 집중 배분되었다는 일부 정치권의 주장과 달리 서울과 수도권에도 상당액이 배분되어 주로 대도시와 지역경제가 비교적 좋은 지역에 많이 교부된 것으로 나타났다.

국회 기획재정위 소속 배영식 의원(한나라당)이 기획재정부로부터 긴급 입수한 '연도별 부동산교부세 교부현황'에 따르면 2005년 서울이 전체 교부액 3천929억원중 791억원으로 전체의 20%를 차지한데 이어 2006년 24.94%, 2007년 18,49%로 교부세가 가장 많이 지원된 것으로 나타났다. 

부산도 2005년 15.55, 2006년 9.32%, 2007년 12.85%, 2008년(1차분) 7.14%를 나타냈으며, 경기도는 2005년 8.87%, 2006년 18.85%, 2007년 4.62%, 2008년 8.75%의 교부세 배당율을 기록했다.

또한 전남과 경북은 2005년 3.99%, 4.35%의 낮은 비율을 보였으나, 지난해 이 지역에 대해 집중지원이 결정되어 올해부터 지원비율이 큰 폭으로 늘어나 10.89%, 10.65%의 지원비율을 나타냈다.

그러나 대구지역은 지난해 2102억원으로 전체의 11.1%의 교부율을 보였으나, 올해엔 전체의 4.12%만 교부되어 지난해 이 자금배정 당시 상대적으로 홀대를 받았던 것으로 분석되고 있다.

이에 배영식 의원은 "대도시보다는 지역경제가 최악의 수준인 대구, 광주, 강원, 제주도 등 낙후 지역에 지원자금 규모를 확대해야 하는데도 그렇지 못했다"며 "앞으로는 대체지원 세출이 편성될 경우 이 지역에 대해 우선 지원정책을 펼쳐야 국가균형발전을 도모할 수 있다"고 지적했다.

부동산 교부세의 실질 교부액은 2005년 3천929억원, 2006년 1조 200억원, 2007년 1조 8천892억원, 2008년(1차분) 1조 1천091억원의 실적을 보이고 있다. 그러나 종부세 징수실적은 교부액에 비해 매년 20~30%정도 늘어난 것으로 나타났다.