지자체에 토지를 양도하면서 2006년에 협상을 하고 또 토지를 사실상 지자체가 점유하고 있더라도, 소유권이전 등기가 2007년에 이뤄졌다면 '2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 기준시가로 양도소득세를 적용한다'는 규정을 적용할 수 없다는 결정이 나왔다.

감사원은 최근 B시와 협의하면서 양도한 토지에 대해 '양도소득세 감액경정청구 거부에 관한 심사청구'한 사건에 대해 A청구인의 주장에 이유가 없다며 기각결정을 내렸다고 밝혔다.

사건의 발단은 A씨가 소유하고 있던 토지를 B시(市)에 협의매도하면서 양도시점에 대해 책임을 전가하면서 일어났다. 소득세법상에서는 토지 양도에 대해 실지거래가액을 양도소득의 기준으로 하지만, 2006년 12월 31일 이전에 양도한 토지 등에 대해서는 기준시가로 적용할 수 있도록 단서조항을 달아놓았다.

실제로 이 사건의 토지는 2006년 10월부터 협상에 들어갔지만 2007년 4월 2일에 소유권이전등기가 이뤄졌고, 토지에 있던 근저당권설정도 4월 4일에 말소됐다. A씨는 이 토지에 대해 양도소득세를 실지거래가액을 기준으로 해 2억4천여만원을 2008년 3월 24일에 신고·납부하고, 31일에 다시 기준시가를 적용해 8백여만원을 산출 그 차액에 대해 감액경정청구를 했지만 A시로부터 거부당했다.

A씨는 감사원에 청구하면서 3가지 이유를 들었다. 우선 소유권이전등기나 대금청산은 형식적인 절차에 불과하고 B시가 토지를 사실상 점유한 것은 협상을 시작한 2006년 10월부터이므로 이때 이미 양도가 이뤄진 것으로 봐야 한다는 것이다.

또 조세특례제한법에서도 공익사업의 차질없는 진행을 목적으로 토지수용시 기준시가로 양도소득세를 과세할 수 있는 규정을 두고 있는만큼 이를 적용해야 한다고 지적했다.

아울러 A씨는 B시로부터 토지 양도에 대해 설명을 들을 때 2006년까지는 기준 시가로 양도소득세가 부과되므로 세부담이 크지 않다는 설명을 듣고 협의취득에 응한 것이고, B시에서 보상금관련 서류제출 후 30일 내에 보상금을 지급한다고 통지해 놓고 서류제출한 2006년 11월경부터 4개월이 지난 2007년 4월 3일에서야 보상금을 지급했기 때문에 이는 신의를 저버린 배신행위라고 주장했다.

감사원은 A씨의 세가지 이유에 대해 모두 이유가 없다고 결정했다. 가장 큰 원인은 양도시점을 등기부에 접수된 시점으로 봐야 한다는 것이 결정적인 원인이었다.

감사원은 소득세법의 관련 규정에 따라 "양도시점은 부동산의 대금을 청산한 날이거나 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 한다"며 "이 사건의 양도시점도 소유권등기가 이뤄진 2007년 4월 2일이고, 따라서 실지거래가액을 기준으로 산정해야 한다"고 밝혔다.

조세특례제한법의 경우도 법문대로의 해석이 필요하다며 양도시점이 2006년 12월 31일이전에만 해당되는 규정이므로 이 사건의 토지 양도는 '기준시가로 양도소득세를 과세하는 것으로 확장해석하거나 유추 해석할 합리적인 이유가 없다'고 지적했다.

신의의 배반에 대해서는 보상협의시 설명한 사람이 B시장이라고 해도 보상담당 공무원이거나 B시장을 과세관청이라고 할 수 없을 뿐더러 이 토지의 양도에 대해 기준시가를 기준으로 양도소득세를 부과하겠다는 공적 견해를 표명한 것이라고 보기도 어렵다고 설명했다.

또 감사원은 B시가 A씨에게 보상협의를 요청하면서 매수 대상 토지에 근저당권 및 압류 등이 설정된 경우 이를 말소하거나 승낙서를 첨부하도록 통보했는데도 A씨는 2007년 4월 3일까지 이행하지 않았으므로 신뢰에 반한 것이라고 볼 수 없다고 결정했다.