세무조사 과정에서 과세자료를 확보하였다는 납세자의 관할 지방청이 아닌 타 지방청에서 조치한 소득금액변동통지처분은, 권한이 없는 행정청의 과세처분으로서 위법하다는 판결이 나왔다.

서울행정법원 제13부는 4일, A 학교법인이 00지방국세청장을 상대로 제기한 소득금액변동통지처분 취소소송에서, 원고 승소판결을 내렸다.

현행 과세관청의 소득처분과 그에 따른 소득금액변동통지가 있는 경우 원천징수의무자인 법인은 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 통지서에 기재된 소득의 귀속자에게 당해 소득금액을 지급한 것으로 의제되어 그때 원천징수하는 소득세의 납세의무가 성립함과 동시에 확정된다.

또한 원천징수의무자인 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액을 그 다음달 10일까지 관할 세무서장 등에게 납부할 부담을 지게된다.

재판부는 판결문을 통해 “법인세법 제9조에 의하면 내국법인의 법인세의 납세지는 당해 법인의 등기부상 본점 또는 주사무소의 소재지로 하고 있고, 앞서 본 바와 같이 소득금액변동통지는 당해 법인에 대한 법인세의 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장이 하도록 규정하고 있다”고 설명했다.

또한 “이 사건 주식의 정당한 가액과 실제 양도가액의 차액을 원고 대표자 A에게 상여로 소득처분하고 그에 기해 원고에게 소득금액변동통지를 할 수 있는 권한은 원고에 대한 법인세의 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청에 있다”고 밝혔다.

재판부는 따라서, “따라서 세무조사 과정에서 과세자료를 확보하였다는 이유로 피고가 원고에 대하여 한 이 사건 소득금액변동통지처분은 권한 없는 행정청의 과세처분으로서 위법하다”고 판시했다.

이와함께 재판부는, 법인으로서는 소득금액변동통지서에 기재된 소득처분의 내용에 따라 원천징수세액납부를 하지 않은 경우 가산세의 제재를 받게 됨은 물론이고 형사처벌까지 받도록 규정돼 있는 점에 비추어 보면, 소득금액변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 과세관청의 행위로서 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이라고 봄이 상당하고 설명했다.

이에따라 소득금액변동통지가 단순히 소득금액의 지급시에 납세의무가 자동적으로 성립, 확정하는 원천징수의 소득세에 관하여 그 지급시기를 의제해 과세관청이 징수처분에 나가기 위한 절차적인 요건을 규정한 것에 불과한 것이 아니라고 강조했다.