매입세액공제를 작성일자와 사실상의 공급시기가 동일 과세기간 내인지 여부에 불문하고 매입세액을 공제할 수 있도록 해야 한다는 주장이 제기됐다.

김두형 숙명여대 부교수는 한국세무학회 ‘세무학연구’ 봄호에서 ‘세금계산서의 작성시기와 매입세액 공제여부에 관한 판례의 검토’라는 논문을 통해 이같이 강조했다.

연구논문에서 김 부교수는 ▶간접세인 부가세에 있어서 납세의무자의 역할 ▶부가세제도에 있어서 누적효과를 제거하기 위해 인정되는 매입세액공제 ▶납세의무자가 원하지 않았으나 불가피하게 과세기간을 경과해 교부받은 세금계산서에 대한 납세의무자의 권리구제의 필요성 등을 고려할 때 이 문제는 재검토되어야 하고 입법적 개선이 요구 된다고 제시했다.

법령을 개선할 경우, 현행 부가세법시행령 제60조 제2항의 각호를 재정비해야 해야 할 것으로 지적됐다.

만약, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 경과한 후에 교부받은 세금계산서지만 이것이 착오로 기재되었고 거래사실이 확인되는 경우 제2호에 해당해 제3호와의 관계가 문제될 수 있다고 꼬집었다.

이에따라 부가세법 제17조 제2항 제2호와 제3호를 통합해 하나로 흡수하거나 또는 제3호를 법률 제17조 제2항 제1호의2에 규정된 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하지 않는 방향으로 동 시행령 사항을 법률에 규정해 좀 더 구체적이고 명백한 조문으로 정비할 필요가 있다고 주문했다.

입법적 개선 이전이라도 실제 거래시기와 세금계산서상 작성일자의 과세기간이 다른 경우에 사실과 다른 세금계산서로 보게 되는 현행법령의 규정을 그대로 존중해 법문을 절충적 입장에서 합리적으로 해석하다면 어느정도 구체적 타당성을 찾을 수 있을 것이라고 조언했다.

종전 판례는 매입세액공제를 인정하지 않는 ‘세금계산서의 기재사항이 사실과 다른 경우’를 지나치게 엄격히 해석하지 않았다.

재화 또는 용역의 공급시기와 동일한 과세기간내에 소급 작성한 세금계산서는 물론 동일한 과세기간 후에 소급 작성한 세금계산서라 할지라도 실체관계에 부합하는 세금계산서에 의해 실제 매입사실이 인정되면 매입세액공제를 인정했다.