"경제의 성장잠재력 확충을 위해 생명과학분야의 연구개발(R&D) 등에 대한 세제지원이 강화돼야 하며, 대-중소기업 협력차원에서 이뤄지고 있는 대기업의 '중소기업 납품대금 현금지급'에 대한 세제지원도 필요하다." 

대한상공회의소는 재정경제부, 국회 등에 제출한 '2005년도 세제개편과제 종합건의'를 통해 올해 중점추진해야 할 세제개편과제로 ▶ R&D 등 투자 활성화를 위한 세제지원 확대 ▶대-중소기업 상생을 위한 세제지원 ▶납세자인 기업의 납세편의를 위한 세제행정절차 개편 등을 들고, 이를 신속하게 추진해 줄 것을 요청했다.

우선 商議는 2005년말로 종료되는 기술이전소득 세액감면 일몰시한을 3년이상 연장해달라고 건의했다.

현행 조세특례제한법 제12조에서는 특허권, 실용신안권 등 기업이 개발한 기술을 양도 또는 대여함으로써 발생하는 소득에 대해서는 법인세 또는 소득세의 50%를 감면해 주고 있다.

생명과학분야에서 신약 개발을 하고 있는 A사에 따르면 신약 개발에 대한 연구에는 평균적으로 15년 정도의 장기간이 소요되며, 이 중에도 성공하는 것은 약 0.01%∼0.02%에 불과한 실정.

商議는 이처럼 기업이 엄청난 실패의 위험을 무릅쓰고 R&D에 투자하고 있는데, 세제지원이 없어진다면 큰 어려움을 겪을 것이 분명하다며 지속적인 지원을 요구했다.

한편 商議는 대기업의 R&D 투자를 촉진하기 위해 대기업의 '연간 R&D비용'에 대해서도 세제지원이 강화돼야 한다고 주장했다.

현재 대기업의 경우 직전 4년간 발생한 연구개발비 평균비용을 초과하는 금액의 40%를 법인세액에서 공제받고 있다.

이러한 제도는 특정년도에 연구개발비를 많이 지출할 경우 그 다음해부터 세액공제액이 줄어들게 되는 구조적 문제점을 가지고 있다.

이에 따라 商議는 대기업의 '년간 R&D비용'에 대해서는 기존 제도와 별도로 연구개발비의 10% 정도를 감면하는 제도를 추가 도입해 대기업의 선택범위를 넓힐 필요가 있다고 주장했다.

현재 중소기업의 경우에는 연구개발비의 15% 또는 직전 4년간 발생한 연구개발비의 평균비용을 초과한 금액의 50% 중 선택 가능하도록 돼 있다.

또한 상의는 대기업이 중소기업에게 구매대금을 현금으로 지급하는 경우에 대한 세제지원이 필요하다고 주장했다.

대기업이 기업구매카드나 어음을 이용, 60일이내에 중소기업에게 대금결제를 해줄 경우, 정부는 결제기간에 따라 대금의 0.003%까지 세금을 감해 주고 있지만, 정작 중소기업에게 가장 절실한 현금으로 대기업이 결제해 줄 경우 아무런 혜택이 없는 것이 현실.

연간 약 3조원 가까이 중소기업에서 물품을 구매하고 있는 B사는 중소기업에게 어음으로 대금을 결제하면 90억원의 세금 혜택을 받을 수 있음에도 불구하고, 중소기업 자금난 해소를 위해 지난해 10월부터 전면적인 현금결제를 실시하고 있지만 아무런 세제혜택을 받지 못하고 있는 실정이다.

이에 따라 상의는 대기업이 중소기업에게 7일이내에 현금으로 결제를 할 경우에 한해 어음 등으로 결제했을 때와 같이 세제 지원을 해줄 것을 건의했다.

아울러 상의는 현행 세법상 대기업이 60일이내에 중소기업에게 대금을 지급했을 때의 세액감면도 올해말까지만 적용되도록 돼 있어, 이 역시 2008년말이후로 적용시한이 연장돼야 한다고 덧붙였다.

商議는 현행 법인세할 주민세에 대해서도 본점에서 일괄해서 처리할 수 있도록 개선을 요구했다.

법인세할 주민세는 법인세의 10%로 산출하는데, 이를 법인별로 신고와 납부를 하는 것이 아니라 전국의 사업장별로 각각 나눠 내도록 하고 있다.

사업장별로 나누는 기준 또한 전국 사업장 종업원 수와 건물 연면적을 일일이 확인해 그 비율대로 나눠야 한다.

총 산출세액은 같더라도 실수로 사업장별 나눈 금액이 잘못되면 신고에 대해 20%의 가산세와 납부지연에 대한 가산세를 내야 하기 때문에 기업에 부담으로 작용하고 있다.

건의문은 정부가 양도소득세나 증여세 파악을 위해 기업에게 요구하고 있는 주주별 주식변동상황 보고가 걸림돌로 작용하고 있다고 지적했다.

실제로 기업들은 주주 개개인의 금융거래정보를 확인하기 위해 매주마다 일일이 연락·확인하는 과중한 업무를 수행하고 있을 뿐만 아니라, 단순착오라도 발생되면 2%의 가산세도 과도하게 부과되고 있어 개선이 요구되고 있다.