국세청은 공익법인이 재산을 출연받은 날로부터 3년내에 공익목적사업에 사용하지 않거나, 합당한 사유없이 남아있는 경우 이번 법인세 신고시 세법에 의한 과세권을 발동키로 했다.

또 공익법인이 출연받은 재산을 사회 전체의 불특정 다수인의 이익을 위해 사용하지 않고 특정계층(출생지·직업·학연 등)에만 공익사업의 혜택이 제공된 사실이 있는지 여부도 철저히 가려낼 방침이다.

국세청은 3월 법인세 신고를 앞두고 공익법인에 대한 신고지침을 지방청 및 산하 세무관서에 시달했다.

지침에 따르면 공익법인이 재산을 출연받은 때에는 출연받은 날로부터 3년내에 직접 공익목적사업 등에 전부 사용해야 한다.

또 출연재산을 매각하는 경우 당해 매각금액을 매각한 날이 속하는 사업연도의 종료일부터 1년내 30%, 2년내 60%, 3년내 90%에 상당하는 금액이상을 '직접 공익목적사업'에 사용해야 한다.

공익법인은 수익사업용 또는 수익용으로 사용하는 출연재산 운용소득 금액의 70%에 상당하는 금액이상을 그 사업연도 종료일로부터 1년이내에 직접 공익목적사업에 사용해야 한다.

내국법인의 의결권있는 주식(출자지분 포함)을 출연받는 경우에는 출연받는 주식과 이미 보유하고 있는 주식, 출연자와 특수관계에 있는 자가 출연한 타 공익법인이 보유하고 있는 당해 내국법인의 주식 수를 합해 동일 내국법인 의결권있는 발행주식 총수의 5%를 초과하는 경우에는 그 초과분에 대해 증여세가 과세된다.

공익법인이 출연받은 재산을 사회 전체의 불특정 다수인의 이익을 위해 사용하지 않고 출생지·직업·학연 등에 의해 특정계층에만 공익사업의 혜택이 제공되는 경우에는 출연받은 재산을 공익목적에 맞게 사용하지 않는 것으로 봐 공익법인에 대해 증여세를 과세한다.

공익법인이 보유하고 있는 재산은 공익사업을 목적으로 출연된 재산이기 때문에 공익법인이 공익사업을 종료하고 해산시에는 그 잔여재산을 국가·지방자치단체 또는 당해 공익법인과 유사한 공익사업을 영위하는 공익법인에 귀속시켜야 한다.

한편 정부는 공익법인을 지주회사화하는 것을 방지하기 위해 동일종목 주식 5%이상의 보유 금지의무 외에 당해 공익법인의 총 자산 중 특수관계에 있는 내국법인의 주식 등의 가액이 30%를 초과할 경우에는 그 초과하는 가액에 대해 가산세를 적용토록 개정시 신설('99.12.28)한 바 있다.