현행 부가가치세 간이과세제도는 탈세의 온상이 되고 있을 뿐만 아니라, 근로소득자간 조세형평성을 잃고 있어 이를 폐지해야 한다는 주장이 조세전문가들 사이에서 줄곧 제기되고 있다.

그러나 간이과세자의 대부분이 영세사업자인 만큼 이를 일시적으로 폐지하기는 곤란한 현실을 감안해 부가세 과세제도를 점차 개선해 나가는 것이 바람직한 것으로 지적되고 있다.

조세전문가들은 "우선 신용카드 사용 활성화 등으로 과표 양성화 정책이 어느 정도 추진됐고, 특히 올해부터 현금영수증제도 시행으로 더욱 탄력을 받을 것"이라면서 "간이과세제도 적용을 받기 위해 매입·매출을 줄이거나 세금계산서를 속이는 등 부정한 방법으로 과세표준을 줄여 세금회피수단으로 악용하는 사례를 차단해야 한다"고 입을 모으고 있다.

이들은 "일본과 프랑스 등 외국의 경우에도 현재 간이과세제도를 운용하고 있다"며 "간이과제제도를 폐지해 일반과세자로 일원화하는 문제는 정치적인 공감대가 형성되고 이 제도를 폐지할 수 있을 정도로 의식수준이 전제돼야 한다"고 강조했다.

재경부 및 국세청 관계자는 이와 관련 "간이과세제도를 축소하거나 폐지하는 방안은 세법논리상 적절한 것으로 보인다"면서 "다만 사회·경제상황에 대한 종합적인 검토를 거쳐 결정돼야 한다"라고 말했다.

또한 심상정 민주노동당 의원은 "간이과세제도는 과거 정권이 정치적인 목적에서 자영사업자들의 세금부담을 줄여주기 위해 만든 제도로 과세원칙상 문제가 많은 만큼 새로 구성되는 국회에서 한도 축소나 폐지를 위해 노력하겠다"는 입장을 밝힌 바 있다.

한편 조세전문가들은 "제도의 일시적 폐지보다는 적용기준을 조정하는 점진적 폐지가 바람직하다"면서 "연간 매출액 4천800만원미만인 간이과세적용 기준을 3천600만원미만으로, 납부면제 적용기준이 연간 매출액 1천200만원미만에서 800만원미만으로 각각 하향 조정하는 방안을 적극 검토해야 한다"고 제시했다.