사업의 포괄적 양도양수계약서에 의해 재화를 공급할 때 세금계산서를 교부한 경우, 양도자의 신고·납부와 관계없이 매입세액공제가 가능토록 법령을 개선해야 한다는 주장이 제기됐다.

국민고충처리위원회와 청와대참여혁신수석실이 공동으로 개최한 '국세·지방세 분야 민원담당 공무원 연찬회'에서 이선삼 부산청 납세보호계장은 '사업의 포괄적 양도·양수제도 개선' 분임토의(14명) 결과에 대해 이같이 발표했다.

李 계장은 "사업의 양도자가 대부분 폐업자인 점을 감안해 주로 국내 사업장이 없는 외국법인 또는 비거주자로부터 용역을 공급받는 경우에 용역을 공급받는 자가 대가지급시 부가세를 원천징수해 납부토록 하는 대리납부제도를 사업의 포괄적 양도양수시에도 적용함으로써 양도자로부터 부가세 징수문제를 해결할 수 있다"고 말했다.

그는 이어 "양수자에게는 사업의 포괄적 양수로 인한 매입세액과 대리납부세액을 일치시킴으로써 자금부담을 해결해 사업의 포괄적 양도양수시 나타날 수 있는 문제점들을 원천적으로 제거할 수 있다"고 제안했다.

현재 사업의 포괄적 양도양수 판단시 인적 설비의 승계, 사업과 직접 관련이 없는 자산과 부채의 판단문제 등 사업의 포괄적 양도양수 여부를 판단하기 어려워 질의나 상담을 한 후 세금계산서 교부 여부를 결정하고 있으나, 세무공무원도 확실한 답변이 어려울 뿐만 아니라 잘못된 답변으로 차후 납세자와의 마찰이 발생할 소지가 있다.

또한 각종 업무감사시 포괄적 양도양수요건의 불충족으로 거액의 부가가치세를 추징하는 사례가 빈번해 이에 대한 조세불복 및 고충민원이 발생하고 있는 실정이다.

사업의 포괄적 양도양수의 경우 세금계산서를 교부한 때 양도자가 신고·납부한 경우에만 양수자의 매입세액공제를 허용하고 있어 양수자의 매입세액공제가 양도자의 신고납부 여부에 따라 결정되고 사업의 포괄적 양도양수계약 내용과 달리 양수자가 사업내용을 임의로 변경한 경우 양도자에게 부가가치세를 징수함으로써 양도양수이후 거래상대방에 의해 부가가치세를 추징하는 문제가 발생하고 있다.

뿐만 아니라 사업 양수자가 사업을 승계한 후 얼마동안 동일 사업을 유지해야 포괄적 양도양수로 볼 것인가에 대한 명확한 규정이 없어 법률상으로는 며칠만 사업의 동질성을 유지해도 과세되지 않는 과세형평상 불합리한 점이 있다.

또한 같은 과세기간에 재화 또는 용역의 공급과 포괄양도양수에 대한 세금계산서 교부가 같이 발생한 경우, 납부세액의 일부만 납부시 과연 어느 부분의 납부로 볼 것인가의 다툼의 소지가 있다.