국가에 대한 납세자의 '경정청구기한'과 납세자에 대한 국가의 '수정신고기한'이 형평성을 잃고 있어 제도 개선이 요구되고 있다.

또 배당세액 공제도 이중과세문제가 발생할 우려가 있는 만큼 이에 대한 제도적 뒷받침이 강구돼야 한다는 지적이 제기되고 있다.

현행 국세기본법 제45조에 따르면 당초 신고ㆍ납부시 납세자가 세법에 의해 납부해야 할 세액에 미달하게 납부한 세액은 관할세무서장이 바로 잡아 통지하기 전까지는 언제든지 수정해 세액을 납부할 수 있도록 규정하고 있다.

그러나 국세기본법 제45조의2에는 당초 신고ㆍ납부시 세법에 의해 납부해야 할 세액을 초과해 납부한 세액은 법정신고기한 경과후 2년이내에 관할세무서장에게 경정청구를 해야 환급받을 수 있도록 규정하고 있다.

이에 따라 수정신고기한과 경정청구기한의 차별은 조세법 관계에 있어 국가와 국민이 동일한 처지에 있음에도 불구하고 합리적 이유없이 국가보다 국민을 불평등하게 취급하고 있다는 지적이다.

따라서 조세전문가들은 "국가와 국민의 조세법 관계에 관한 일반이론인 조세채권ㆍ채무관계설에 의할 때 경정청구기한은 수정신고기한 및 국세부과의 제척기간과의 형평을 고려해 법정신고 기한 경과후 5년이내에는 언제든지 경정청구가 가능하도록 개정하는 것이 바람직하다"고 주장했다.

이와 함께 현행 법인세율은 법인세 과세표준 1억원이하는 15%, 1억원초과는 27%의 2단계 초과 누진세율로 돼 있기 때문에 27%의 세율로 법인세를 부담한 소득을 배당할 경우에는 동일소득에 이중과세가 되는 문제가 발생하고 있다고 지적했다.